环境行政公益诉讼中的确认违法判决可在履行判决与撤销判决无法适用时成为备位选择,帮助司法机关实现对行政机关的监督.然而,分析环境行政公益诉讼中涉及确认违法判决的12则判决书可以发现,这些判决在适用过程中存在评价对象不恰当、与履行判决并用、法律依据援引混乱和适用形式化等问题.为防止法律逻辑和司法公信力被破坏,检察机关应落实行政公益诉讼的诉前建议程序,根据个案情况提出恰当的诉讼请求.同时,审判机关则应在确认违法判决运作逻辑和特性等基础理论的支撑下,妥善处理复合型诉讼请求,着重审查"确认利益",实现确认违法判决的理性运用.