AllTypeTM FastplexTM NGS试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的评价

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中文摘要：目的 AllType™ Fastplex™ NGS试剂增加了HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列分析,本文旨在评价该试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的性能情况.方法利用AllType™ Fastplex™ NGS试剂检测 HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点,使用TSV 2.0.0软件指定NGS法的HLA基因型.采用聚合酶链反应-序列分析法(PCR-SBT)复核部分标本进行质量控制.结果 94份标本NGS法检测 HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点,指定为单一组合分型结果为58份,占61.70％.结果分析中软件提示至少有一个等位基因报警的组合有432个,占76.60％.共有5个等位基因组合,报警存在外显子区域碱基错配,经PCR-SBT方法复核发现均为NGS软件错误的判定.随机抽取16份标本,NGS法和PCR-SBT方法检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1基因结果在高分辨水平上完全一致.增加HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列,有效解决了DRB1*12:01:01/12:10、DRB1*15:02:01/15:140/15:149、DPB1*13:01/107:01 组合的指定.结论 AllType™ Fastplex™ NGS 试剂增加分析 HLA-Ⅱ 类基因1号外显子,提升HLA分型指定能力.HLA基因型结果指定中应注意软件分析报警信息的处理,必要时采用其他方法进行验证,以保证分型结果准确性.

外文标题：Evaluation of AllTypeTM FastplexTM NGS kit for HLA genotyping based on Ion Torrent S5 platform

外文关键词：

HLANext-generation sequencingIon Torrent S5Exon 1Ambiguous alleles combination

作者：

何亿镇、董丽娜、王芳、王炜、章伟、朱发明

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作者单位：

浙江中医药大学医学技术与信息工程学院,浙江杭州310052

浙江省血液中心

关键词：

人类白细胞抗原二代测序 Ion Torrent S5 1号外显子模棱两可组合

基金：

浙江省医药卫生科技计划

项目编号：

2022KY733

出版年：

2023

中国卫生检验杂志

中华预防医学会

中国卫生检验杂志

影响因子：0.771

ISSN：1004-8685

年,卷(期)：2023.33(12)

参考文献量1