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端粒长度实时荧光定量PCR和数字PCR检测方法比较

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目的 筛选合适的端粒和内参引物,对比实时荧光定量PCR(qPCR)和数字PCR(dPCR)检测端粒长度之间的差异.方法 通过查阅文献选择6对引物并进行筛选,通过qPCR和dPCR方法检测0.625 ng/μl～20.0 ng/μl 6个不同浓度人类基因组DNA的端粒长度,对二者的线性拟合程度、相关性、重复性、检测成本、检测效率、用样量等因素进行对比.结果 选择Tel1和Tel2作为端粒引物,RPLP0-F和RPLP0-R作为内参引物.qPCR端粒产物Ct值为11.68～16.21,内参产物Ct值为21.21～26.74,所得相对端粒长度值为739.29～1 478.58,dPCR端粒拷贝数平均浓度为71.60 copies/μl～5 235.67 copies/μl,内参拷贝数平均浓度为 396.40 copies/μl～9 499.67 copies/μl,相对端粒长度值为0.18～0.55.qPCR和dPCR均表现出良好的线性关系,前者端粒和内参回归系数为r2值分别为0.995 2、0.993 1,后者r2r值分别为0.975 2、0.996 5,2种检测方法的结果成正相关(r2=0.876 0).qPCR 3次重复测量的相对标准偏差(RSD)为0.07％～1.05％,dPCR为2.13％～11.12％,表明qPCR具有更好的稳定性.此外,qPCR检测成本低,单次检测量大,耗时较短,而dPCR用样量较少.结论 检测数量较多样本的端粒长度时,qPCR比较合适,检测DNA含量较少样本的端粒长度时,可考虑使用dPCR.
Comparison of quantitative real-time PCR and digital PCR in detection of telomere length

Telomere lengthQuantitative real-time PCRDigital PCR

查玉娥、陈圆圆、朱牧、刘娟、石莹、魏岚

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中国疾病预防控制中心环境与人群健康重点实验室中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所,北京 100021

端粒长度 实时荧光定量PCR 数字PCR

中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所青年科学基金

2020YSRF_01

2023

中国卫生检验杂志
中华预防医学会

中国卫生检验杂志

影响因子：0.771
ISSN：1004-8685
年,卷(期)：2023.33(19)
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