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华西牛胴体性状GWAS分析

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胴体性状是肉牛生产实践中最重要的经济性状之一。本研究以840头华西牛成年公牛为研究对象，屠宰后分别测量胴体重(CW)、胴体长(CL)、胴体胸深(CD)3个性状的表型值，基于Illumina BovineHD芯片基因分型结果，利用单变量混合线性模型(LMM)和多变量混合线性模型(mvLMM)2种方法进行全基因组关联分析(GWAS)，采取Bonferroni方法确定显著性阈值，挖掘影响华西牛胴体性状的显著位点和重要候选基因。结果显示，单性状GWAS分析中仅在CD性状中检测到6个SNPs位点达到染色体显著水平(P<1。65×10-6)，注释到5个基因(PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK6)，而在CW与CL 2个性状中没有检测到显著的SNPs位点;多性状GWAS分析结果显示，在CW-CL、CW-CD、CL-CD、CW-CL-CD 4个组合中分别检测到1、5、2、3个显著关联的SNPs位点，共注释到了4个基因(STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、RCAN2)。通过对华西牛胴体性状进行GWAS分析，综合利用LMM和mvLMM 2种分析方法以提高位点检测效力和准确性，最终共找到9个显著关联的SNPs位点及STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK6 6个基因，其中PPARGC1B、RCAN2 2个基因被不同方法检测到的多个SNPs位点同时注释到，参与体重调节、脂肪细胞增殖和分化等生物过程，以上结果为华西牛胴体性状的改良提供了有效的分子标记。

高翰、葛菲、王泽昭、李宏伟、安炳星、李海鹏、徐凌洋、朱波、蔡文涛、张路培、高雪、高会江、陈燕、李俊雅

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中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京 100193

华西牛 胴体性状 单性状GWAS 多性状GWAS

中国农科院科技创新工程重大科研任务项目国家肉牛牦牛产业技术体系建设项目内蒙古自治区科学技术计划

CAAS-ZDRW202102CARS-372020GG0210

2022

10.19556/j.0258-7033.20211128-04

中国畜牧杂志
中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.704
ISSN：0258-7033
年,卷(期)：2022.58(11)
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