摘要
为从分子水平上探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构、遗传背景及与我国北方其他黄牛品种间的遗传关系,本研究对 265 头柴达木牛个体mtDNA D-loop区全序列进行测定,并从GenBank下载了我国北方 13 个其他地方黄牛品种(群体)的 206 条相应序列,以雷州牛为参照对 15 个黄牛品种(群体)的 480 条mtDNA D-loop区序列进行综合分析.结果表明:柴达木牛mtDNA D-loop区核苷酸序列长度在 909～916 bp之间,排除插入/缺失后多序列比对分析共检测到 86 个核苷酸多态位点,包括 15 个单一多态位点和 71 个简约信息位点;依据序列间核苷酸变异在柴达木牛中共确定了 56 种单倍型.遗传多样性分析表明,柴达木牛具有丰富的母系遗传多样性,其单倍型多样度和核苷酸多样度分别为 0.957 3±0.004 1 和 0.161 6±0.080 5;品种内大柴旦、茫崖、都兰 3 个群体相比乌兰、格尔木 2 个群体具有更高的遗传变异,母系遗传多样性水平更高.遗传分化分析表明,柴达木牛品种内群体间存在不同程度的遗传分化(FST=0.020 2～0.192 8),但各群体间分化程度整体水平较高,部分群体间达到中等及中等以上分化程度.系统发育分析表明,柴达木牛由 2 个母系支系组成,包含普通牛T1～T5和瘤牛I1 6种单倍型组,以T2和T3单倍型组为主,拥有普通牛和瘤牛混合血统,但受到约0.75%的牦牛基因渐渗影响.聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛、秦川牛遗传关系最近,与安西牛、延边牛、长白山牛、沿江牛、西藏牛品种(群体)间聚类关系较近,与哈萨克牛、阿尔泰牛、临夏牛、武威牛亲缘关系较远,而与阿沛甲咂牛、日喀则牛、雷州牛遗传关系最远.
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