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基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构

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试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性，分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系，并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对 50 只牙山黑绒山羊(公母各 25 只)核心群个体进行SNP分型，并使用Plink进行质控后，开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析。结果显示质控后共获得 54 668 个SNPs位点用于后续分析。遗传多样性分析结果为:各标记位点的最小等位基因频率为0。254 1，平均期望杂合度为 0。326 3，平均观察杂合度为 0。329 2，多态信息含量为 0。326 3，多态性标记比例为 85。85%，表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富。群体亲缘关系分析结果表明:该群体的ROH平均长度为 9。89 Mb，46。94%为 5～10 Mb的片段，基于ROH的平均近交系数为 0。074 7，近交程度较低。主成分分析可见，该核心群可分为 3 个亚群;群体的平均IBS遗传距离为 0。309 0，与G矩阵结果相似度较高，说明个体间的亲缘关系较近。群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为 3 个群体，10 个家系，与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达 16 只，揭示各家系间个体数差异明显，需增加小家系群体的留种率。综上所述:牙山黑绒山羊群体遗传多样性丰富，保种效果较好;群体近交程度较低，但个体间亲缘关系较近，公羊的血统数量较少，各家系间个体数差异明显;牙山黑绒山羊后期繁育需通过制定合理的选种选配方案，结合引入新的血统，扩大核心种群数量，增强其保种效果。

周东辉、张昌政、张任豹、姜雪城、王子鹏、高霄霄、董焕声、柳楠、贺建宁、周李生

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青岛农业大学动物科技学院,山东青岛 266109

牙山黑绒山羊 SNP芯片 遗传多样性 亲缘关系 家系结构

山东省畜禽遗传资源保种场、基因库保护项目山东省自然科学基金山东省农业良种工程项目青岛农业大学高层次科研人才基金

2022 0388ZR2020MC1672019LZGC0121120004

2024

10.19556/j.0258-7033.20230607-05

中国畜牧杂志
中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCD北大核心
影响因子：0.704
ISSN：0258-7033
年,卷(期)：2024.60(4)
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