摘要
本研究基于某企业公猪站 172 头纯种大白猪 10 316 条精液品质记录,分别针对精液体积、精液密度、有效精子密度、精子活力、精子畸形率以及直线运动比例进行统计分析,绘制每种性状的分布情况.相关性分析发现,精液体积与精液密度呈负相关,精子活力与直线运动比例呈正相关、与畸形率呈负相关.进一步分别选取精液体积性状极端高和极端低的 10 个样品,提取基因组DNA,进行 15×全基因组重测序,共获得高质量SNPs和InDels 11 400 036 个.以 10 kb为window、5 kb为步长进行遗传分化系数(Fixation Index,Fst)分析,以 0.1%的window为阈值,筛选精液体积高低组的极端分化区域,共获得 4.43 Mb的区域,包含 142 个候选基因.利用David工具进行GO富集分析,结果表明候选基因主要参与细胞分裂(GO:0051301)、白细胞运动(GO:1903238)、信号转导(GO:0007165)以及受体聚集(GO:0043113)等生物学过程.其中CDK6、CDK13、CDK14、STAG1和TNKS等基因主要参与细胞分裂过程,且均有与精子质量相关的报道,可作为影响公猪精液品质的候选基因,为后续分子标记的发掘提供理论依据.
基金项目
武汉市重大专项(2022021302024853)
湖北省农业科技创新中心创新团队项目(2021-620-000-001-18)
国家生猪产业技术体系(CARS-35)
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