摘要
为鉴定与上杭槐猪总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状相关的SNPs与候选基因,本试验通过中芯一号固相芯片与博瑞迪液相芯片对 332 头上杭槐猪进行了检测,并使用Beagle软件对合并后的基因型数据进行填充,使用R软件的SNPRelate包进行基因型数据质控,使用R软件的sommer包对总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状进行校正,使用R软件的GAPIT包中的MLMM模型对上杭槐猪繁殖性状进行全基因组关联分析.研究发现,总产仔数有 1 个显著SNP位于 16 号染色体 67 735 592 bp处;产活仔数有 1 个显著SNP位于 16 号染色体 67 735 592 bp处;产健仔数共有 2 个显著SNPs位于 2 号染色体 18 510 657 bp与16 号染色体 67 735 592 bp处.在上述显著位点上下游 200 kb的区域内进行繁殖性状相关候选基因的挖掘,筛选到 2 号染色体上的HSD17B12基因与产健仔数有关,同时发现,在 16 号染色体 67 735 592 bp处可能存在与上杭槐猪总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状相关的潜在基因,有待进一步挖掘.本研究结果为后续通过分子育种手段加速上杭槐猪繁殖性能的选育提供了分子标记与技术支持.
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