香猪CD9基因结构变异多态性及其对基因表达的影响

扫码查看

原文链接

国家科技期刊平台
NETL
NSTL
万方数据

中文摘要：通过比较基因组学分析,在香猪白细胞分化抗原 9(Cluster of Differentiation 9,CD9)基因中检测到1 个长度为 315 bp的结构变异(Structure Variant,SV).该SV位于CD9基因的第 2 内含子中.为了探索CD9-I2-sv315 的多态性是否对基因表达有影响,本研究通过在该SV上下游设计特异性引物,通过PCR验证CD9-I2-sv315 在大白猪和香猪中的群体分布;采用生物信息学技术分析CD9-I2-sv315 区域是否存在影响基因表达的功能元件;采用实时荧光定量PCR方法检测香猪主要组织及不同CD9-I2-sv315 基因型之间CD9基因的表达变化.结果表明,香猪群体中CD9-I2-sv315 位点检测到 2 种基因型,分别为DD型和ID型(D为缺失基因,I与参考基因一致),其中D等位基因频率为 84.5%;大白猪群体中存在 3 种基因型,II型、ID型和DD型,D等位基因频率为55%.本文比较了香猪主要组织中CD9基因的表达量,得出肺组织的表达量最高.生物信息学分析提示CD9-I2-sv315 区域中包含一个短散在元件(Short Interspersed Element,SINE)和 36 个miRNAs结合位点,可能影响CD9基因的表达效率.进一步检测肺组织中 3 种基因型的相对表达量,得出:DD型>ID型>II型.本文研究结果提示,香猪CD9基因的结构变异CD9-I2-sv315 以DD型为主,DD型中CD9表达量高于其他基因型,可能与香猪较强的抗病力有关.

作者：

梁才康、兰隽儿、孙勇、庞玉莲、黄世会、牛熙、王嘉福、冉雪琴

展开 >

作者单位：

贵州大学动物科学学院,贵州贵阳 550025

贵州大学农业生物工程研究院,贵州贵阳 550025

关键词：

香猪 CD9基因结构变异多态性肺

基金：

国家自然科学基金贵州省科技创新人才团队项目贵州省"百"层次创新型人才培养项目贵州省科技计划项目贵州省农委生猪产业高质量发展项目

项目编号：

31960641黔科合平台人才[2019]5615黔科合人才[2016]4012号黔科合基础-ZK[2021]一般103QKHPTRC[2019]5615

出版年：

2024

DOI：

10.19556/j.0258-7033.20240125-05

中国畜牧杂志

中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCD北大核心

影响因子：0.704

ISSN：0258-7033

年,卷(期)：2024.60(8)