摘要
通过比较基因组学分析,在香猪白细胞分化抗原 9(Cluster of Differentiation 9,CD9)基因中检测到1 个长度为 315 bp的结构变异(Structure Variant,SV).该SV位于CD9基因的第 2 内含子中.为了探索CD9-I2-sv315 的多态性是否对基因表达有影响,本研究通过在该SV上下游设计特异性引物,通过PCR验证CD9-I2-sv315 在大白猪和香猪中的群体分布;采用生物信息学技术分析CD9-I2-sv315 区域是否存在影响基因表达的功能元件;采用实时荧光定量PCR方法检测香猪主要组织及不同CD9-I2-sv315 基因型之间CD9基因的表达变化.结果表明,香猪群体中CD9-I2-sv315 位点检测到 2 种基因型,分别为DD型和ID型(D为缺失基因,I与参考基因一致),其中D等位基因频率为 84.5%;大白猪群体中存在 3 种基因型,II型、ID型和DD型,D等位基因频率为55%.本文比较了香猪主要组织中CD9基因的表达量,得出肺组织的表达量最高.生物信息学分析提示CD9-I2-sv315 区域中包含一个短散在元件(Short Interspersed Element,SINE)和 36 个miRNAs结合位点,可能影响CD9基因的表达效率.进一步检测肺组织中 3 种基因型的相对表达量,得出:DD型>ID型>II型.本文研究结果提示,香猪CD9基因的结构变异CD9-I2-sv315 以DD型为主,DD型中CD9表达量高于其他基因型,可能与香猪较强的抗病力有关.
基金项目
国家自然科学基金(31960641)
贵州省科技创新人才团队项目(黔科合平台人才[2019]5615)
贵州省"百"层次创新型人才培养项目(黔科合人才[2016]4012号)
贵州省科技计划项目(黔科合基础-ZK[2021]一般103)
贵州省农委生猪产业高质量发展项目(QKHPTRC[2019]5615)
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