摘要
为探究基于SNP芯片猪早期选留基因型填充效果,本试验通过猪 50K液相芯片对 2 277 头长白种猪进行检测,将 2022 年 7 月前出生的 1 561 头种猪作为 50K液相芯片检测个体,从 2022 年 7 月及以后出生的716 头种猪中筛选 0%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%的种猪作为 50K液相芯片检测个体,其余根据10K芯片位点信息抽取位点作为10K芯片检测个体.使用Beagle V5.4将10K芯片填充至50K芯片,重复 10 次.结果表明,与 50K芯片相比,10K芯片各染色体标记数减少,平均间距增加,但各SNP间的连锁不平衡程度变化较小.将早期选留群体中的芯片检测比例从0%提升至60%的过程中,基因型一致性从0.942提升至 0.986,相关系数从 0.901 提升至 0.975.芯片检测比例从 0%提升至 5%时,基因型一致性与相关系数提升幅度最大.随着次等位基因频率(Minor Allele Frequencies,MAF)的提升,基因型一致性逐渐降低,同一MAF下不同检测比例基因型一致性变化逐渐增大.结果表明在早期选留阶段将基因芯片从 10K填充至50K是可实施的,在早期选留群体中筛选部分个体进行高密度芯片检测有助于提升填充准确性.本研究可为猪早期选留 10K芯片的应用及填充提供参考,降低猪早期选留芯片检测成本.
基金项目
福建省种业企业培优项目(2120814)
福建省现代农业(生猪)产业技术体系建设项目(闽财教指[2021]61号)
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