本研究旨在分析内江猪群体的遗传结构,从而更好的保护和利用内江猪遗传资源.使用猪 50K SNP芯片,对 237 头(24 头公猪,213 头母猪)内江猪进行基因组分型,分型结果经质量控制及自填充后用于后续分析.通过多种分析软件对内江猪群体的遗传结构、遗传多样性以及群体近交情况进行分析,结果发现:共有26 652个SNP位点用于分析,其有效等位基因数为1.569,多态性标记比为0.533,多态性信息含量为0.272,期望杂合度为0.338,观测杂合度为0.341,最小等位基因频率为0.249.主成分分析结果表明群体内分层不明显,根据状态同源计算的群体平均遗传距离为 0.252,通过聚类分析可将 24 头公猪划分为 10 个家系.在群体基因组中共检测到7 031个长纯合片段,其平均长度为12.59 Mb,通过连续性纯合片段估计群体近交系数为0.008,通过SNP纯合性估计群体近交系数为-0.012.总体来说,内江猪群体遗传多样性较为丰富,群体遗传距离较远,近交程度较低,但存在一定的近交风险.本研究可为内江猪的保护和开发利用提供理论依据.
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