基于系谱和芯片数据分析荷斯坦牛近交系数及候选基因鉴定

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中文摘要：近交是影响家畜遗传多样性和种群健康的关键因素之一，尤其在高产奶牛群体中，近交可能导致生产性能下降和繁殖力减弱。本研究旨在通过近交系数来反映北京地区3个主要奶牛场的荷斯坦牛群体近交状况，对比分析基于系谱信息和SNP芯片数据 2 种方法计算近交系数，计算个体基于系谱的近交系数(FPED)和基于连续纯合片段(Runs of Homozygosity，ROH)的近交系数(FROH)，随后对高频ROH区域进行基因注释并鉴定候选基因。结果表明:平均FROH为 0。106 2，波动范围在 0。000 6～0。401 6 之间;平均FPED为 0。025，波动范围在 0～0。292 6 之间。鉴定到来自 8 个高频ROH区域的 63 个与奶牛经济性状相关的基因，如与牛乳脂量相关的基因ABCG2和SCD，与牛生长发育相关的基因NCAPG和PAX2。本研究对改善奶牛的遗传管理和育种规划具有重要意义。

作者：

陈泰然、李珊珊、白萨茹拉、郭刚、王雅春

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作者单位：

中国农业大学动物科学技术学院,北京 100193

北京首农畜牧发展有限公司,北京 100176

关键词：

连续纯合片段(ROH) 近交系数荷斯坦牛候选基因

出版年：

2024

DOI：

10.19556/j.0258-7033.20240407-04