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结合DNA甲基组和基因组数据鉴定甲基化数量性状位点

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本研究对 140 个大白猪的DNA甲基化组和基因组数据进行了深入分析，成功鉴定了甲基化数量性状位点(meQTL)，并估计了显著CpG位点的甲基化遗传力。研究通过构建模型，将单核苷酸多态性(SNP)作为自变量，以表观基因组关联分析(EWAS)识别的显著CpG位点甲基化水平作为因变量，进行了全基因组关联分析。分析结果显示，在EWAS鉴定出的 3 107 个显著CpG位点中，有 235 个meQTL与 52 个CpG位点相关。其中，仅有 1 个为顺式meQTL(cis-meQTL)，其余均为反式meQTL(trans-meQTL)。对这 52个CpG位点进行遗传力估计后发现，它们的平均遗传力约为 0。15，大约 65%的CpG位点遗传力低于 0。1，这表明大多数CpG位点的甲基化遗传力相对较低。此项研究的发现有助于更深入地理解SNP如何影响CpG位点的甲基化，并为进一步探索基因组中SNP与CpG位点甲基化之间的关系提供了重要的数据支持。

崔晟頔、王凯、赵真坚、陈栋、申琦、余杨、王俊戈、陈子旸、禹世欣、陈佳苗、王翔枫、唐国庆

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四川农业大学动物科技学院,猪禽种业全国重点实验室,四川 成都 611130

四川农业大学动物科技学院,农业农村部畜禽生物组学重点实验室,四川 成都 611130

四川农业大学"畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室",四川 成都 611130

新希望六和股份有限公司,四川 成都 625014

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表观基因组关联分析 甲基化数量性状位点 DNA甲基化

2024

10.19556/j.0258-7033.20231208-07

中国畜牧杂志
中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCD北大核心
影响因子：0.704
ISSN：0258-7033
年,卷(期)：2024.60(12)