中国畜牧杂志2024，Vol.60Issue(12) ：194-200.DOI:10.19556/j.0258-7033.20231208-07

结合DNA甲基组和基因组数据鉴定甲基化数量性状位点

崔晟頔 王凯 赵真坚 陈栋 申琦 余杨 王俊戈 陈子旸 禹世欣 陈佳苗 王翔枫 唐国庆
中国畜牧杂志2024，Vol.60Issue(12) ：194-200.DOI:10.19556/j.0258-7033.20231208-07
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结合DNA甲基组和基因组数据鉴定甲基化数量性状位点

崔晟頔 1王凯 2赵真坚 1陈栋 1申琦 1余杨 1王俊戈 1陈子旸 1禹世欣 1陈佳苗 1王翔枫 1唐国庆1
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作者信息

  • 1. 四川农业大学动物科技学院,猪禽种业全国重点实验室,四川 成都 611130;四川农业大学动物科技学院,农业农村部畜禽生物组学重点实验室,四川 成都 611130;四川农业大学"畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室",四川 成都 611130
  • 2. 新希望六和股份有限公司,四川 成都 625014
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摘要

本研究对 140 个大白猪的DNA甲基化组和基因组数据进行了深入分析,成功鉴定了甲基化数量性状位点(meQTL),并估计了显著CpG位点的甲基化遗传力.研究通过构建模型,将单核苷酸多态性(SNP)作为自变量,以表观基因组关联分析(EWAS)识别的显著CpG位点甲基化水平作为因变量,进行了全基因组关联分析.分析结果显示,在EWAS鉴定出的 3 107 个显著CpG位点中,有 235 个meQTL与 52 个CpG位点相关.其中,仅有 1 个为顺式meQTL(cis-meQTL),其余均为反式meQTL(trans-meQTL).对这 52个CpG位点进行遗传力估计后发现,它们的平均遗传力约为 0.15,大约 65%的CpG位点遗传力低于 0.1,这表明大多数CpG位点的甲基化遗传力相对较低.此项研究的发现有助于更深入地理解SNP如何影响CpG位点的甲基化,并为进一步探索基因组中SNP与CpG位点甲基化之间的关系提供了重要的数据支持.

关键词

表观基因组关联分析/甲基化数量性状位点/DNA甲基化

引用本文复制引用

出版年

2024
中国畜牧杂志
中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCD北大核心
影响因子：0.704
ISSN：0258-7033
浏览量3
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