摘要
本研究旨在筛选用于鸭品种鉴定的微单倍型分子标记.下载中国本土鸭品种的简化基因组测序数据,利用生物信息学技术组装微单倍型.通过多样性指标排序比较,筛选出高效能微单倍型位点并分析验证.结果表明,鸭基因组中 140 bp范围之内的理论微单倍型共 1 321 597 个,经有效测序深度与多样性指标筛选,得到 7 009 个高质量微单倍型,可作为鸭品种鉴定的候选微单倍型.7 009 个微单倍型的信息度In值为0.163～0.665,平均值为 0.239;固定指数Fst值为 0.150～0.730,平均值为 0.243;有效等位基因数为 1.163～7.003,平均值为 2.419.利用Structure程序分析鸭品种的群体结构,当K=4 时,可观察到预期的 4 个类群.比较分析不同数量的微单倍型和SNP,筛选出了能清晰区分鸭品种的 25 个微单倍型组合,鉴别效果远优于相同数量的SNP,该微单倍型组合可作为 4 个中国地方鸭品种鉴定的分子标记.本研究成功基于简化基因组数据挖掘出用于鸭品种鉴定的微单倍型,也为其他畜牧动物的分子鉴定提供了新思路.
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