4个地方鸭品种鉴定的微单倍型位点的筛选与分析

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中文摘要：本研究旨在筛选用于鸭品种鉴定的微单倍型分子标记。下载中国本土鸭品种的简化基因组测序数据，利用生物信息学技术组装微单倍型。通过多样性指标排序比较，筛选出高效能微单倍型位点并分析验证。结果表明，鸭基因组中 140 bp范围之内的理论微单倍型共 1 321 597 个，经有效测序深度与多样性指标筛选，得到 7 009 个高质量微单倍型，可作为鸭品种鉴定的候选微单倍型。7 009 个微单倍型的信息度In值为0。163～0。665，平均值为 0。239;固定指数Fst值为 0。150～0。730，平均值为 0。243;有效等位基因数为 1。163～7。003，平均值为 2。419。利用Structure程序分析鸭品种的群体结构，当K=4 时，可观察到预期的 4 个类群。比较分析不同数量的微单倍型和SNP，筛选出了能清晰区分鸭品种的 25 个微单倍型组合，鉴别效果远优于相同数量的SNP，该微单倍型组合可作为 4 个中国地方鸭品种鉴定的分子标记。本研究成功基于简化基因组数据挖掘出用于鸭品种鉴定的微单倍型，也为其他畜牧动物的分子鉴定提供了新思路。

作者：

吴雨静、田艺博、周宇荀、肖君华、李凯

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作者单位：

东华大学生物与医学工程学院,上海 201620

关键词：

微单倍型鸭品种鉴定分子标记

出版年：

2024

DOI：

10.19556/j.0258-7033.20231207-01

中国畜牧杂志

中国畜牧兽医学会

中国畜牧杂志

CSTPCD北大核心

影响因子：0.704

ISSN：0258-7033

年,卷(期)：2024.60(12)