摘要
本试验旨在测定不同日龄内蒙古白绒山羊瘤胃及粪便产甲烷菌的多样性.选取 10、30、50、150 日龄内蒙古白绒山羊各 3 只(每只为 1 个重复)进行屠宰,采集瘤胃液及粪便.采用特异性引物扩增瘤胃和粪便产甲烷菌总DNA片段,用Illumina Miseq PE300 平台进行测序.结果表明:24 个样品共获得 419 970 条优化序列,每条序列平均长度为 416 bp;瘤胃和粪便中的产甲烷菌总OTU数目在 30 日龄时稍有降低,共同产甲烷菌OTU数目随日龄逐渐减少,且同日龄瘤胃中产甲烷菌OTU数目均大于粪便;30 日龄时瘤胃中产甲烷菌多样性高于粪便(P<0.05);10、30、50、150 日龄时,瘤胃及粪便门水平产甲烷菌优势菌均为Norank_d_细菌和广古菌门;瘤胃中广古菌门主要由甲烷短杆菌属、Norank_甲烷微菌目组成,粪便中主要由甲烷球形菌、甲烷短杆菌属组成;150 日龄时瘤胃广古菌门丰度高于 10、50 日龄组(P<0.05),Norank_甲烷微菌目丰度高于其他日龄组(P<0.01),而Norank_d_细菌丰度低于 50 日龄组;10、30、50、150 日龄时粪便中丰度最高的菌群均为Norank_d_细菌;门、属水平上,10日龄瘤胃和粪便中未分类菌丰度均高于其他日龄组(P<0.05);LefSe分析发现,150 日龄时瘤胃中富集了Norank_甲烷微菌目(P<0.05).由此可见,随着羔羊的生长发育,瘤胃产甲烷菌主要为广古菌门,且以氢营养型产甲烷菌为主,而粪便以甲基营养型产甲烷菌为主;瘤胃和粪便中很多丰度较高且未分类的物种及其随日龄的变化规律需要进一步研究.
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