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梅叶绿体分离与测序方法优化

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叶绿体基因组是研究进化关系的理想基因组.为了获得最适合梅(Prunus mume)叶绿体提取及测序方法的方案,以梅品种'龙眼'新鲜幼叶为试验材料,比较叶绿体试剂盒,高盐-低pH配合Percoll密度梯度以及改良高盐-低pH 3种方法分离叶绿体的效果.结果表明改良高盐-低pH法提取梅cpDNA的OD260/OD280值为2.043,质量浓度为5286.4ng/ul,是3种方法中最适合梅叶绿体提取的方法.此外,通过比较直接与拼接2种测序方法得到的'龙眼'梅叶绿体基因组差异,发现两者的显著差异为直接测序法测得基因组在IR区112～118kb区间有一段冗余序列,基因组重排相似度高于99％.综合考虑,梅叶绿体最佳提取方法为改良高盐-低pH法,直接测序法获得的信息量较大但增加了提取叶绿体DNA的成本.
The Optimization of Separation and Sequencing Methods of Chloroplast in Mei Flower

薛松、倪照君、乔玉山、侍婷、高志红

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南京农业大学 南京210095

南京农业大学园艺学院 南京210095

南京农业大学大学园艺学院 南京210095

园林植物 梅 叶绿体DNA提取 改良高盐-低pH法 叶绿体测序

农业部种质资源保护项目和科技部农作物种质资源共享平台

NICGR2019-98共同资助

2020

中国园林
中国风景园林学会

中国园林

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.108
ISSN：1000-6664
年,卷(期)：2020.36(z1)
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