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基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析

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油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物.为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶鞘、花、花茎等.研究基于23.20 Gb高质量的原始数据提取获得环形一致序列319568条,其平均长度和测序深度分别为2101 bp和43×;通过聚类、校正和去冗余最终得到高质量的序列57849条,合计121.79 Mb;转录组的完整性约为79.58％,其中约有76.20％的为全长转录本;通过比对NR、Swissprot、GO、KOG、egg-NOG、Pfam、KEGG等数据库,共获得52424条序列的注释信息,注释比例约为90.62％;此外,研究还预测获得3759条lncRNA、43060个SSR位点以及2300条转录因子序列.这些结果不仅增加了我们对油莎豆遗传特性的认知,同时还为下一步开展基因表达谱分析、功能基因的挖掘与利用等奠定了坚实的基础.
Single-molecule real-time (SMRT)-based full-length transcriptome analysis of tigernut (Cyperus esculentus L.)

邹智、赵永国、张丽、孔华、郭运玲、郭安平

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中国热带农业科学院热带生物技术研究所/海南省南繁生物安全与分子育种重点实验室,海南海口,571101

广东石油化工学院生物与食品工程学院,广东茂名,525000

中南民族大学生命科学学院/武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室,湖北武汉,430074

油莎豆 油料作物 全长转录组 单分子实时测序

320RC705和319MS093163005201701131700580和319716882018KTSCX148

2021

10.19802/j.issn.1007-9084.2020230

中国油料作物学报
中国农业科学院油料作物研究所

中国油料作物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.296
ISSN：1007-9084
年,卷(期)：2021.43(2)
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