中医学根植于中华民族传统文化与智慧,是一种跨越宏观、中观、微观的认识论与方法论,它属于非线性的复杂系统.单纯的还原论与构成论不满足对中医整体观的描述与研究,需要一种宏观、整体的研究理论与方法跨越鸿沟推进中医现代化研究.系统论从整体看局部,而分形理论弥补了系统论的不足,从局部分形元生成发育成整体,提供了从局部认识整体的科学方法与工具.中医理论与思维中蕴含了诸多自相似性、无标度性、内齐次数性等分形特征,递归性为中医具象提供了可能.混沌具有初值敏感依赖性、有限预测性和内部有序性等特征,混沌吸引子就是一种分形结构.人体的功能状态具有明显的混沌特征,分形与混沌普遍存在于中医整体观认知中.