孙一奎的命门思想深受宋明理学太极理论的影响,形成了不同于既往医界认识的有形命门,将其提升为形而上的概念进行论述,跳出了具体脏腑的限制,提高了命门的理论地位.其命门思想大体宗宋明理学本体论宗旨,但也与其有本质上的不同.宋明理学中的"太极"是万事万物产生的根源,而孙一奎命门观中,人体"命门"以两肾为所确立的基础;宋明理学中的"太极"非阴非阳,而孙一奎命门观中命门性质"谓之阳则可,谓之火则不可".由于医学的目的是指导临床辨证和用药,孙一奎的命门观无法、也不能忽视人体脏腑的实际而虚无存在,他的命门观仍是为其主张通过培补肾与命门,达到"固本培元"的治疗目的而服务的.
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