首页|基于流式细胞术与基因组Survey分析白及基因组大小及特征

基于流式细胞术与基因组Survey分析白及基因组大小及特征

Analysis of genome size and characteristics of Bletilla striata based on flow cytometry and genomic survey

扫码查看
原文链接
  • 国家科技期刊平台
  • NETL
  • NSTL
  • 维普
  • 万方数据
目的 研究白及的核型、基因组大小等特征信息.方法 双色荧光原位杂交分析白及的染色体核型;以番茄为内参,流式细胞术检测白及基因组大小;基因组Survey分析获得白及基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息.结果 DAPI荧光染色及端粒荧光原位杂交发现白及染色体为二倍体,染色体类型为 sm和 st型,核型类型为 2C.rDNA荧光原位杂交发现白及染色体有 1 对显示较强的 5S rDNA位点和 1 对 18S rDNA位点,5S rDNA位点位于 2 个同源染色体间隙,18S rDNA位点位于染色体短臂的次缢痕部位.白及基因组大小为 2.37 Gb,同时全基因Survey分析得到有效数据 60.11 Gb,经过 K-mer 分析修正及 Genomescope 评估,白及基因组大小约为 2.53 Gb,杂合率约为1.099%,重复序列约占 67.45%,GC 含量为 36.11%,总测序深度为 23.73.结论 本研究首次获得白及基于 5S rDNA和 18S rDNA荧光原位杂交核型及增补了白及属植物的基因组大小数据,为白及后续的物种分类、种群进化研究及全基因组测序、组装及去冗余处理等工作提供基础参考数据.

Bletilla striata(Thumb.)Reich b.f.genomic investigationflow cytometryK-mer analysistwo-color fluorescence in situ hybridization

杨渊、黄明进、王大昌、阮宝丽、杨秋悦、杨洋、罗影子、覃玉强

展开 >

贵州大学农学院, 贵州大学石斛研究院, 贵州省药用植物繁育与种植重点实验室, 贵州 贵阳 550025

贵州创禾源农业科技有限公司, 贵州 贵阳 550025

白及 基因组调查 流式细胞术 K-mer分析 双色荧光原位杂交

贵州省科技厅项目贵州创禾源中药产业创新发展项目

黔科合支撑[2021]246号创禾源科技合同[2021]001号

2023

10.3969/j.issn.1001-1528.2023.11.028

中成药
国家食品药品监督管理局,信息中心中成药信息站,上海中药行业协会

中成药

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.217
ISSN：1001-1528
年,卷(期)：2023.45(11)
  • 14