TUB2基因作为葡萄白粉病菌DNA条形码的生物信息学分析
Bioinformatics analysis of TUB2gene for DNA barcoding of the causal pathogen of powdery mildew on grape
何瑞玒 1付海滨 2尹琪 3李鑫 3宋晓昕 4金璐 1李辉4
作者信息
- 1. 宁夏葡萄酒与防沙治沙职业技术学院,银川 750001
- 2. 沈阳海关技术中心
- 3. 大连海关技术中心
- 4. 东港海关综合技术服务中心
- 折叠
摘要
葡萄白粉病是葡萄栽培中最重要的真菌病害之一,其病原物为专性寄生活体营养型葡萄白粉菌(Erysiphe necator).分析了TUB2基因是否可以作为葡萄白粉菌及其近缘种菌株的DNA条形码,结果显示,TUB2基因在白粉菌属上具有明显的种间和种内遗传变异间距(Barcoding Gap),系统树分析显示TUB2基因对葡萄白粉菌及其近缘种具有有效的区分能力,因此认为TUB2基因可作为葡萄白粉病菌诊断的理想DNA条形码候选片段.
Abstract
Grape powdery mildew is one of the most important fungal diseases in viticulture,and its pathogen is Erysiphe necator.In this study,we investigated whether the TUB2 gene could serve as a DNA barcoding differentiating Erysiphe necatorand its closely-related species.The results revealed that the TUB2 genes show distinct discrepancies between intra-and inter-specific genetic distances in Erysiphesepeices.The diversity of the TUB2genes can effectively distinguish Erysiphe necatorand its closely-related species via phylogenetic study.Therefore,the TUB2region could be recommended as the ideal candidate DNA barcoding for the diagnose of grape powdery mildew.
关键词
TUB2/葡萄白粉菌/DNA条形码/生物信息学Key words
TUB2/Erysiphe necator/DNA barcoding/bioinformatics引用本文复制引用
基金项目
宁夏回族自治区教育厅高等学校科学研究项目(NYG2022232)
海关总署科研项目(2023HK083)
大连海关科研项目(2023DK01)
"十四五"国家重点研发计划课题(2021YFD1400100)
出版年
2024
国家科技期刊平台
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