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阔叶猕猴桃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

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从NCBI中下载阔叶猕猴桃全基因组数据,从中筛选出叶绿体基因组数据后,完成叶绿体基因组拼接组装,并对其进行叶绿体基因组SSR分析、聚类分析及密码子偏好性分析.注释结果显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组全长155964 bp,平均GC含量37.30％,SSC、LSC和IR区长度分别为20496 bp、88564 bp和23452 bp;注释得到117种功能基因,其中包括83种蛋白质编码基因,4种核糖体rRNA基因和30种tRNA基因.SSR分析结果共发现36个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复单元数目分别为34、1和1,且大部分都偏向于A/T碱基组成.聚类分析表明,阔叶猕猴桃与其他品种遗传距离较远,被单独聚为一支.密码子偏好性分析显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变2个因素的影响,最优密码子多以A或T碱基结尾.
Analysis of Chloroplast Genome Characteristics and Codon Preference in Broad-leaf Kiwifruit

王宇、周俊良、唐冬梅、仲伟敏、马玉华、张敏

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贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳 550006

阔叶猕猴桃 叶绿体基因组 聚类分析 密码子偏好性

贵州省落叶果树特色种质资源收集保存和创新利用猕猴桃品种资源的引进、收集和评价猕猴桃溃疡病抗性材料筛选及抗病性评价指标初步研究贵州山地特色果树资源评价与应用创新平台火龙果耐低温种质收集及相关生理机制研究

黔农科院自主创新科研专项字 [2014]08号黔农科院院专项 [2013]014号黔科合LH字 [2014]7710号黔科中引地 [2018]4002黔科合平台人才 [2017]5603

2020

种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子：0.502
ISSN：1001-4705
年,卷(期)：2020.39(5)
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