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基于清风藤属植物DNA条形码的叶绿体序列筛选

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基于叶绿体基因matK、psbK-psbI、psbA-trnH序列分析9种清风藤属植物DNA条形码可行性.结果表明,清风藤属3条叶绿体基因中,matK序列最长(805 bp);psbA-trnH序列的GC含量最低(29.7％),变异位点数(46)与简约信息位点数(32)最多.种间变异顺序为:psbA-trnH>matK>psbK-psbI;种内变异顺序为:psbA-trnH>psbK-psbI>matK.遗传距离分析、barcoding gap分析与Wilcoxon秩和检验分析结果显示,在9种清风藤属植物中,只有psbA-trnH序列种内最大变异小于种间最小变异,matK序列种间差异较大.从系统进化树分析结果看,3条序列均可以区分部分物种,matK序列鉴定效率较高.因此,3条序列均不适合单独作为该属植物的DNA条形码.在后续的研究中,建议以matK作为DNA条形码辅助序列与其它候选序列进行联合分析,以提高清风藤属DNA条形码鉴定效率.
Chloroplast Coding Sequence Selection Based on the DNA Barcoding of the Genus Sabiaceae

严福林、温迪、王波、徐文芬、孙庆文、魏升华

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贵州中医药大学药学院,贵阳 550025

清风藤属 DNA条形码 matK psbK-psbI psbA-trnH

国家自然科学基金国家自然科学基金喀斯特联合项目贵州省国内一流学科建设项目贵州省普通高等学校工程研究中心项目贵州省优秀青年科技人才项目国家中医药管理局资助项目

81560707U1812403-2-1GNYL [2017]008黔教合KY字 [2017]018黔科合平台人才 [2019]5658国中医药科技中药2014～117号

2020

种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子：0.502
ISSN：1001-4705
年,卷(期)：2020.39(5)
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