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滇白前种子转录组测序及功能注释

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采用高通量测序技术平台Illumina Novaseq 6000对滇白前种子进行转录组测序,共获得平均长度为753.9 bp的43663个Unigenes.注释到六大功能数据库(NR,COG,Pfam,Swiss-Prot,GO,KEGG)上的Unigene总数为29177个.滇白前Unigenes比对到NR数据库共有26688条,与甜菜、藜麦、栓皮栎、菠菜有较高同源性;25657条Unigenes在COG数据库得到26500个注释,分为23类;19942条Unigenes在GO数据库得到79481个注释,按功能分为细胞组分、分子功能和生物过程三大类,分别有13、16、23个亚类,其中参与的生物过程较多;11527条Unigene富集在KEGG数据库的101条代谢通路中,代谢相关的通路占比最大.同时,有527个Unigenes被注释为转录因子;有3995条SSR标记被挖掘.利用高通量测序获得滇白前转录组信息,有助于从分子水平对滇白前进行深入研究.
Transcriptome Sequencing and Functional Annotation of Silene viscidula Seeds

王建秋、王晓丽、曹子林

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西南林业大学, 云南 昆明 650224

滇白前 种子 转录组 测序 基因功能注释

2021 J 0162500051131118200115

2021

10.16590/j.cnki.1001-4705.2021.03.052

种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子：0.502
ISSN：1001-4705
年,卷(期)：2021.40(3)
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