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闭鞘姜叶绿体基因组特征及其系统发育分析

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以闭鞘姜为试材,利用高通量测序技术对其进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组.结果显示,闭鞘姜叶绿体基因组(GenBank No.OK 641589)大小为 167 158 bp,具有典型的四分体结构,包括一个大单拷贝区(LSC,91 239 bp)、一个小单拷贝区(SSC,19 955 bp)和一对反向重复序列(IRa 和 IRb,各 27 982 bp),总 GC 含量为36.3％;叶绿体基因组共编码了 134 个基因,包括 88 个蛋白质编码基因、38 个tRNA基因和 8 个rRNA基因.闭鞘姜叶绿体基因组鉴定出 50 个散在重复序列以及 70 个简单重复序列(SSR),偏好使用 AT 结尾的密码子.系统发育分析表明,闭鞘姜与绿苞闭鞘姜(Costus viridis)的亲缘关系最为密切.
Analysis on Chloroplast Genome Characteristics and Phylogeny of Helenia speciosa

吴永飞、杨雪莲、颜丽、王霞、胡小京

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贵州大学农学院,贵阳 550025

闭鞘姜 叶绿体基因组 密码子偏好性 重复序列 系统发育分析

国家自然科学基金贵州省科技计划贵州省科技计划

31860225黔科合人才平台[2018]5781黔科合基础[2019]1408 号

2023

10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.04.010

种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子：0.502
ISSN：1001-4705
年,卷(期)：2023.42(4)
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