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甜菜及其近缘类群叶绿体基因组重复序列比较分析

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甜菜、菠菜及藜麦具有较高的食用、药用和饲用价值.通过 MISA 和 REPuter 软件对其叶绿体全基因组的简单重复序列(cpSSR)和散在重复序列(cpIRS)进行分析,研究甜菜及其近缘类群的叶绿体基因组重复序列差异.结果表明,甜菜及其近缘类群的全长分别为 149 722 bp、150 725 bp 和 152 079 bp,均由一个大单拷贝区(LSC)(83 110 bp、82 719 bp、83 551 bp),一个小单拷贝区(SSC)(17 793 bp、17 860 bp、18 118 bp)和一对反向重复序列(IRs)(24 410 bp、25 073 bp、25 205 bp)组成.甜菜及其近缘类群叶绿体基因组中共检测到 195 个,171 个,154 个 SSR 位点,平均每隔767.8 bp、881.4 bp、987.5 bp 出现一个 SSR 位点.重复序列中主要以单碱基重复序列为主,分别占 SSR 位点总数的91.8%,85.35%,89.6%.cpSSR主要集中分布在大单拷贝区(LSC),占 SSR 位点总数的 67.69%,68.82%及 65.59%;cpSSR长度主要集中在 8～12 bp 之间,说明叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有较高的多态性.REPuter共检测到甜菜、菠菜及藜麦存在 50 个,13 个及 25 个 cpIRS序列,甜菜中检测到 26 个正向重复(F型)和 24 个回文重复(P 型),菠菜和藜麦中只检测到 1 种重复类型,均正向重复(F型).
Comparative Analysis of Chloroplast Genome Repeats of Beta vulgaris and Its Related Groups

Beta vulgarischloroplast genomerepeating sequencescpSSR

包国媛、王雅琼、李文辛

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青海民族大学生态环境与资源学院,西宁 810007

青海省生物技术与分析测试重点实验室,西宁 810007

青海省特色经济植物高值化利用重点实验室,西宁 810007

青藏高原资源化学与生态环境保护国家民委重点实验室,西宁 810007

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甜菜 叶绿体基因组 重复序列 cpSSR

青海民族大学大学生创新创业训练计划(2023)青海民族大学研究生创新项目中央科研创新平台建设项目(2023)

54M202200530160101141

2023

10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.09.036

种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子：0.502
ISSN：1001-4705
年,卷(期)：2023.42(9)
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