种子2024,Vol.43Issue(8) :112-118.DOI:10.16590/j.cnki.1001-4705.2024.08.112

长穗偃麦草ThPLA基因的电子克隆和生物信息学分析

Electronic Cloning and Bioinformatics Analysis of ThPLA Gene in Thinopyrum elongatum

张宴萍 黄德华 李鹏 崔正勇 何方 闫百蔷
种子2024,Vol.43Issue(8) :112-118.DOI:10.16590/j.cnki.1001-4705.2024.08.112

长穗偃麦草ThPLA基因的电子克隆和生物信息学分析

Electronic Cloning and Bioinformatics Analysis of ThPLA Gene in Thinopyrum elongatum

张宴萍 1黄德华 2李鹏 1崔正勇 1何方 3闫百蔷1
扫码查看

作者信息

  • 1. 山东省农业科学院/小麦玉米国家工程研究中心,济南 250100
  • 2. 山东省创新发展研究院,济南 250101
  • 3. 贵州大学农学院,贵阳 550025
  • 折叠

摘要

本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息,利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法,从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编码蛋白进行了预测和分析.结果表明,ThPLA基因全长1620 bp,编码539个氨基酸;与粗山羊草、野生二粒小麦、水稻和玉米的PLA蛋白亲缘关系最近;亚细胞定位和GO term预测ThPLA蛋白质位于叶绿体;综合基因表达预测和转录组数据结果,该基因可能在植物根部对盐胁迫做出响应.

Abstract

In this study,the phospholipase gene(ThPLA)of Thinopyrum elongatum was obtained by electronic cloning method based on high-throughput sequencing information.Combined with bioinfor-matics analysis methods,the amino acid physicochemical properties,conserved domain,advanced structure,hydrophilic/hydrophobic,transmembrane domain,homology analysis and functional ex-pression of the gene gDNA and coding protein were predicted and analyzed.It was found that the total length of ThPLA gene was 1 620 bp,encoding 539 amino acids,of which the PLA protein was most closely related to Aegilops tauschii Coss.,Triticum turgidum var.dicoccoides,Oryza sativa L.and Zea mays L..Subcellular localization and GO term predicted that ThPLA protein was located in chlo-roplasts.Combining the results of gene expression prediction and transcriptome data,the gene could respond to salt stress in plant roots.

关键词

长穗偃麦草/ThPLA基因/电子克隆/生物信息学

Key words

Thinopyrum elongatum/ThPLA gene/electronic clone/bioinformatics

引用本文复制引用

基金项目

山东省农业科学院农业科技创新工程人才类"333工程"计划(CXGC2022E01)

"十四五"重点研发计划(2022YFD1200701)

出版年

2024
种子
贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会

种子

CSTPCD北大核心
影响因子:0.502
ISSN:1001-4705
参考文献量25
段落导航相关论文