MPI+OpenMP混合并行编程模型在分子动力学中的应用

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中文摘要：针对分子动力学串行计算速度不足问题,设计一种基于MPI+OpenMP的并行编程模型,实现LAMMPS并行计算.从而满足在节点间采用MPI进行消息传递并行,在节点内采用OpenMP共享内存模式多线程并行;最后根据分子动力学自身计算特点,对近邻表的构建以及力的计算进行优化,同时将并行结果和串行结果以及纯OpenMP运行时间和混合模型运行时间作对比.实验结果表明,采用MPI+OpenMP混合并行编程模型不仅能够加快计算速度,而且具有很好的扩展性.

外文标题：Application of MPI+OpenMP hybrid parallel programming model in molecular dynamics

作者：

张坤峰、张苏

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作者单位：

周口师范学院计算机科学与技术学院,河南周口 466001

关键词：

分子动力学 MPI+OpenMP 并行编程模型 LAMMPS

出版年：

2022

DOI：

10.13450/j.cnki.jzknu.2022.05.014