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苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析

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[目的]对苋菜AtPAL基因密码子的偏好性进行分析.[方法]利用codonW、MEGA、Origin、Excel、SPSS等软件及CUSP在线程序,分析了苋菜AtPAL基因密码子使用偏好性,并与菠菜、甜菜、一品红等14个不同物种PAL基因密码子偏好性以及大肠杆菌、酵母菌等5种模式生物基因组密码子偏好性进行对比分析,同时基于不同物种PAL基因密码子偏好性及基因编码区进行聚类分析.[结果]苋菜AtPAL基因表达水平和密码子偏好性均较弱,更偏好使用A/T碱基以及以A/T结尾的密码子;聚类分析结果显示,单双子叶植物分别聚成一类,且亲缘关系近的物种往往聚成同一小类,但基于PAL基因编码区的聚类结果更接近传统意义上的物种分类;中性分析、ENc与GC3s关联性分析、奇偶偏好(PR2)分析的结果均显示,突变压力是影响PAL基因密码子使用偏好性的主要因素,同时也受自然选择压力等其他一些因素的影响;与模式生物基因组密码子偏好性对比的结果显示,拟南芥比较适合作为苋菜AtPAL基因的遗传转化受体,酵母真核表达系统比大肠杆菌原核表达系统更适合作为苋菜PAL基因的异源表达载体.[结论]为苋菜AtPAL基因进行异源表达时,选择合适受体及表达系统提供了理论基础,并为苋菜AtPAL基因密码子的优化提供了依据.
Analysis of Codon Bias of AtPAL Gene in Amaranthus tricolor

曾林、黄彬茹、赵春丽、王晓、赖钟雄、刘生财

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福建农林大学园艺学院,福建福州 350002

福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州 350002

苋菜 AtPAL基因 密码子偏好性 聚类分析

福建省自然科学基金福建省省级大学生创新创业训练计划支持项目福建农林大学科技发展资金项目

2018J01700201810389093KFA17353A

2019

园艺与种苗
辽宁省农业科学院

园艺与种苗

影响因子：0.483
ISSN：2095-0896
年,卷(期)：2019.39(4)
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