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樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因的克隆及生物信息学分析

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[目的]克隆樟叶越桔稳定内参基因 60S核糖体蛋白L9 基因全长cDNA和基因组DNA序列,并分析其序列特征及密码子偏好性,为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考.[方法]在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上,筛选 60S核糖体蛋白L9 基因cDNA序列并设计特异性引物,以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板,应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列,并克隆、测序、进行序列分析.同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数(CAI)、相对密码子使用度(RSCU)、同义密码子第三位核苷酸的GC含量(GCS3)、有效密码子数(ENC).[结果]克隆获得樟叶越桔 60S核糖体蛋白L9 基因 666 bp cDNA序列(NCBI:ON637115)和 2 224 bp基因组DNA序列(NCBI:ON584188),将该基因命名为VdRPL9.VdRPL9 基因含有 2 个内含子,分别为 1 616 bp的intron1、144 bp的intron2.VdRPL9 基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长 585 bp,其翻译编码 194 个氨基酸残基构成VdRPL9 蛋白.从动物、植物和真菌RPL9 蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9 基因在进化上极度保守,具有共同的祖先.相比于RSCU聚类树,RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系.VdRPL9 基因偏好性强的密码子(RSCU＞1)共有 25 个、且多以CG结尾,CAI和ENC的值分别为 0.29 和51.8,故推测该基因表达水平偏低.[结论]本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9 基因序列及序列特征,并分析了VdRPL9基因的密码子特征.这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子,提高其在樟叶越桔中的表达水平,探究其表达调控及作用机制奠定了基础.
Cloning and bioinformatics analysis of the 60S ribosomal protein L9 gene in Vaccinium dunalianum

ribosomal protein L9gene cloningcodon preferenceVaccinium dunalianum

张安勉、杨玉菊、王凤、李国泽、赵平、丁勇

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西南林业大学 云南省高校林木生物技术重点实验室,云南 昆明 650224

西南林业大学 西南地区林业生物质资源高效利用国家林业与草原局重点实验室,云南 昆明 650224

核糖体蛋白L9 基因克隆 密码子偏好性 樟叶越桔

国家自然科学基金国家级大学生创新创业训练计划云南省生物学质量工程项目

31960073202110677012503190106

2023

10.14067/j.cnki.1673-923x.2023.07.016

中南林业科技大学学报
中南林业科技大学

中南林业科技大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.442
ISSN：1673-923X
年,卷(期)：2023.43(7)
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