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基于甘蔗热带种(LA-purple)全基因组序列的SSR开发及特征分析

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现代甘蔗栽培品种(2n=100～130)是由甘蔗热带种(2n=80)与割手密(2n=40～128)种间杂交而来，形成异源多倍体、非整倍体作物，使得甘蔗栽培品种中80％～90％的染色体来源于热带种。开发热带种基因组SSR分子标记，有助于甘蔗遗传多样性分析、分子标记辅助选择、遗传图谱的构建等。本研究基于热带种LA-purple的全基因组测序数据的255 398个预测基因序列(累计总长为1 029 222 285 bp)，利用Perl程序与生物信息学软件结合，发掘SSR位点，获得了153 150个SSR位点，平均每1。67个基因有1个SSR位点，其中二、三核苷酸重复基序分别为39 556个和50 072个，占总SSR位点数的58。5％。在二核苷酸重复基序中，TA/AT所占比例最高，占41。4％，CG/GC所占比例最低，占4。6％;在三核苷酸碱基重复基序中，TGT/ACA所占比例最高，为15。6％。在TA/AT重复类型中选取100个基序重复次数在60～90之间的SSR位点，进行引物设计与合成，在12个甘蔗属材料中进行PCR扩增分析，从中筛选出52对具有多态性SSR引物，其中有27对引物在研究的2个甘蔗栽培品种间表现为多态。这些基因组SSR标记的开发，不仅可以用于甘蔗栽培品种DNA指纹图谱分析，而且为甘蔗属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析和重要性状的遗传机制解析奠定基础，为甘蔗分子育种研究提供重要支撑。
Development and Characterization of SSR Markers from the Whole Genome Sequences of Saccharum officinarum (LA-purple)

王恒波、肖乃衍、朱专为、刘翠翠、Intikhab ALAM、陈平华、卢运海

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福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/作物科学学院,福建福州350002

甘蔗 基因组 SSR 标记开发 多态性

国家现代农业产业技术体系建设专项国家甘蔗工程技术研究中心2017年主任课题基金

CARS-20-1ptjh1500117

2018

作物学报
中国作物学会　中国农业科学院作物科学研究所

作物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.803
ISSN：0496-3490
年,卷(期)：2018.44(9)
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