作物学报2024,Vol.50Issue(7) :1867-1876.DOI:10.3724/SP.J.1006.2024.33063

叶绿体标记在玉米种质资源快速分组中的应用分析

Application analysis of chloroplast markers on rapid classification in maize germplasm

王蕊 孙擘 张云龙 张茗起 范亚明 田红丽 赵怡锟 易红梅 匡猛 王凤格
作物学报2024,Vol.50Issue(7) :1867-1876.DOI:10.3724/SP.J.1006.2024.33063

叶绿体标记在玉米种质资源快速分组中的应用分析

Application analysis of chloroplast markers on rapid classification in maize germplasm

王蕊 1孙擘 2张云龙 1张茗起 1范亚明 1田红丽 1赵怡锟 1易红梅 1匡猛 3王凤格1
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作者信息

  • 1. 北京市农林科学院玉米研究所/农业农村部农作物 DNA指纹创新利用重点实验室(部省共建)/玉米 DNA指纹及分子育种北京市重点实验室,北京 100097
  • 2. 北京市农林科学院玉米研究所/农业农村部农作物 DNA指纹创新利用重点实验室(部省共建)/玉米 DNA指纹及分子育种北京市重点实验室,北京 100097;中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,河南安阳 455000
  • 3. 中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,河南安阳 455000
  • 折叠

摘要

叶绿体标记具有遗传保守性高且不受核基因重组干扰等特点,适于对玉米种质资源进行分类管理.本研究基于Maize6H-60K芯片对玉米叶绿体标记筛选获得叶绿体分组候选位点,使用上述位点对3549份玉米种质资源进行聚类分析,将玉米种质资源划分为B、D、H、C、T共 5 个类群.通过基因型信息对比筛选出 29 个叶绿体分组特异标记(Varietal Chloroplast Panel,VCP)并设计KASP引物.开发兼容芯片、KASP平台的快速分组分析算法,算法结果与聚类分析一致.挑选 5 个类群特异位点利用序贯法对种质资源进行快速分组检测,构建玉米种质资源快速分组方法,减少了 95%的检测量,为玉米种质资源提供一种新型高效的分组管理方法.

Abstract

The chloroplast marker has high genetic conservation and is not affected by nuclear gene recombination,making it suitable for the classification and management of maize germplasm resources.Based on the Maize6H-60K chip,candidate mark-ers for chloroplast grouping were obtained and 3549 maize germplasm resources were classified into five groups:B,D,H,C,and T.Twenty-nine specific chloroplast group panels(VCP)were selected and KASP primers were designed by the comparison of genotype information.A rapid group analysis algorithm compatible with chip and KASP platform was developed,which was con-sistent with the cluster analysis.Five group-specific markers were selected using sequential analysis to rapidly detect the germ-plasm resources,and a new efficient method for rapid grouping of maize germplasm resources was established,reducing the de-tection volume by 95%.This method provides a new efficient way to classify and manage maize germplasm resources.

关键词

玉米/种质资源/叶绿体标记/KASP/分组方案

Key words

maize/germplasm resources/chloroplast marker/KASP/classification method

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基金项目

北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20230301)

北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20230303)

北京市农林科学院科研创新平台建设专项(PT2023-34)

出版年

2024
作物学报
中国作物学会 中国农业科学院作物科学研究所

作物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.803
ISSN:0496-3490
参考文献量13
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