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闽楠转录组分析及基因功能注释

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采用第二代Illumina HiSeq测序技术对闽楠的木质部、韧皮部、叶片进行转录组测序,分别获得Clean Reads片段41 383 707条、43 343 922条、44 191 586条,经转录本拼接后得到序列总长度达120 535 288 bp的383 331条Conting片段,进一步组装得到平均长度为542 bp的151 729条Unigenes.将闽楠转录组Unigenes进行基因功能注释,与NR数据库比对发现,其与葡萄的相似序列最多(34％),与黄瓜、野草莓、大豆的同源性较低(各占3％);进行GO功能注释,可将其划分为生物过程、细胞成分、分子功能3大类共计52个分支,与eggNOG数据库比对可分为25类,通过KEGG功能注释可知转录组中涉及的基因共参与了176条代谢通路,其中核糖体和碳代谢获得的注释较多.另外通过MISA软件分析,共获得35972个SSR位点.其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为21762(60.50％),8931(24.83％),4924(13.69％).闽楠转录组分析及基因功能注释为深入开展闽楠遗传育种及分子生物学相关研究奠定基础.
Transcriptome Analysis and Gene Functional Annotation in Phoebe bournei

刘丹、曾钦朦、刘斌、李煜、陈世品

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福建农林大学林学院,福州350002

闽楠 转录组 基因 功能注释

福建省林业厅林木种苗科技攻关五期项目福建省科技厅引导性项目

闽林[2016]9号2016N0001

2020

植物研究
东北林业大学

植物研究

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.877
ISSN：1673-5102
年,卷(期)：2020.40(4)
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