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基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物

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微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛.随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化.岭南青冈(Quercus championii Benth)是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种,对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护.本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发.使用pyRAD软件分析显示:①每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46000 ～84000条;②个体内聚类后得到的位点数在5 500～24 000;③个体间聚类后获得1 158个一致性位点.在1 158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点.使用Primer Premier 5.0设计了25对引物,在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证,结果表明17对引物能成功扩增,共获得106个等位位点,每个引物的等位基因数在2 ～12,平均为6.2.引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19～0.88和0.11 ～0.76.本研究的引物开发方法具有速度快、效率高、成本低的特点,可应用于群体遗传学分子标记的开发.
Development of Microsatellite Primers of Quercus championii with RAD-seq Data

宁馨、姜小龙、邓敏、徐刚标

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中南林业科技大学林木遗传育种实验室,长沙410004

中国科学院上海辰山植物科学研究中心,上海辰山植物园,上海201602

岭南青冈 简化基因组测序 微卫星分子标记开发 遗传多样性

国家自然科学基金上海市绿化与市容管理局科技攻关项目

31700174G182427

2020

植物研究
东北林业大学

植物研究

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.877
ISSN：1673-5102
年,卷(期)：2020.40(4)
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