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喜马红景天叶绿体基因组特征及其系统发育分析

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以青藏高原特有药用植物——喜马红景天(Rhodiola himalensis)为试验材料,利用高通量测序技术对喜马红景天进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组.结果显示:喜马红景天叶绿体基因组全长为151074 bp,GC含量为37.8％,具有1个长单拷贝区、1个短单拷贝区和1对反向重复区的典型四分体结构,其序列长度分别为82309、17017、25874 bp;叶绿体基因组共编码130个基因,其中编码蛋白的基因86个、编码tRNA的基因37个、编码rRNA的基因7个;叶绿体基因组共检测出25513个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大;喜马红景天IRa和IRb区的rps19和ycf1基因缺失,长单拷贝区的trnH基因收缩;喜马红景天与圣地红景天(R.sacra)亲缘关系最近;短单拷贝区域的单核苷酸多态性(SNP)变异频率最高.本研究报道了喜马红景天的叶绿体基因组,并对其进行了组装、注释和序列分析,为今后开展喜马红景天的遗传多样性研究和合理开发利用提供理论依据.
Characteristics of Complete Chloroplast Genome and Phylogenetic Analysis of Rhodiola himalensis (Crassulaceae)

张雨、苏旭、刘玉萍、刘涛、郑长远、苏丹丹、王亚男、吕婷

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青海师范大学生命科学学院,西宁 810008

青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室,西宁 810008

青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,西宁 810016

叶绿体基因组 系统发育 简单重复序列 IR区边界分析 喜马红景天

科技基础资源调查专项祁连山国家公园青海研究中心开放课题青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室项目

2017FY100202-022020-ZJ-Y40

2022

10.7525/j.issn.1673-5102.2022.04.010

植物研究
东北林业大学

植物研究

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.877
ISSN：1673-5102
年,卷(期)：2022.42(4)
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