种子科技2024,Vol.42Issue(20) :5-7,17.DOI:10.19904/j.cnki.cn14-1160/s.2024.20.002

水稻品种TN1叶绿体基因组密码子偏好性分析

杨敏苒 齐慧龙 王田梦 王希胤
种子科技2024,Vol.42Issue(20) :5-7,17.DOI:10.19904/j.cnki.cn14-1160/s.2024.20.002

水稻品种TN1叶绿体基因组密码子偏好性分析

杨敏苒 1齐慧龙 1王田梦 1王希胤2
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作者信息

  • 1. 华北理工大学生命科学学院,河北 唐山 063210
  • 2. 华北理工大学基因组学与计算生物学研究中心,河北 唐山 063210
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摘要

水稻是我国主要粮食作物之一,叶绿体发育对其生长和产量至关重要.TN1水稻品种的叶绿体基因组分析表明,密码子偏好受到自然选择和碱基突变压力的影响.低GC含量和低ENC值表明基因具有强烈的密码子偏性,且基因表达水平与基因密码子第一位碱基的GC含量密切相关.中性绘图和PR2-plot结果显示自然选择对密码子偏好性的影响,而ENC-plot分析表明突变压力也对密码子偏性有一定影响.此外,最优密码子分析表明叶绿体基因组的密码子偏好以A和U结尾.研究结果为水稻叶绿体基因组密码子使用模式提供了科学依据,对于水稻品种的遗传改良和生产具有重要意义.

关键词

水稻品种TN1/叶绿体基因组/密码子偏好性/最优密码子

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出版年

2024
种子科技
山西省种子协会,中国种子协会

种子科技

影响因子:0.161
ISSN:1005-2690
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