基于微管的驱动蛋白超家族（Kinesin superfamily）的分子马达调控包括细胞器转运及染色体移动等在内的一系列的细胞动力学过程。哺乳动物的基因组内近期陆续得到测序和注释，使得在基因组层面上进行驱动蛋白的预测和分析成为可能。在此，我们介绍一种新颖的、基于比较基因组学的全长驱动蛋白预测手段（full-length kinesin prediction program，FKPP），用来系统鉴定哺乳动物中的驱动蛋白。与之前预测出94个驱动蛋白的工作相比较，我们从哺乳动物的基因组中总共鉴定出134个驱动蛋白基因。并且，利用全长驱动蛋白预测手段（FKPP），对数据库中存在的片段序列进行分析，我们还合成了25个全长的驱动蛋白序列。有趣的是，FKPP发现人的CENP-E蛋白应该是包含2701个氨基酸，而不是目前数据库中已经存在的2663个氨基酸的序列。通过对人的CENP-E蛋白序列特异性抗体以及cDNA测序的实验鉴定，证明FKPP所合成的CENP-E序列是正确的。接着我们根据FKPP对哺乳动物驱动蛋白全长序列进行了重新的分类。鉴于目前公共数据库中存在了很多非全长的蛋白片段序列，FKPP不仅提供了一个高效、准确、新颖的驱动蛋白预测工具，同时亦为其他序列不完整超蛋白家族的全长分子鉴定提供了一种可供借鉴的方法学。
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