用以TP309为遗传背景的Pi-d3转基因水稻品种和TP309对稻瘟病菌菌株81278和GUY11及其有性后代进行毒性分析，结果表明，GUY11对Pi-d3无毒，对TP309有毒，GUY11含有无毒基因Avr-Pid3；81278对Pi-d3、TP309均有毒，有性后代在Pi-d3上的无毒性/毒性分离比例为45:39，符合1:1的期望值，推断无毒基因Avr-Pid3是受单一基因座控制的。用在两亲本间具有多态性的16个SSR标记的引物来筛选与Avr-Pid3连锁的分子标记，获得2个与无毒基因Avr-Pid3连锁的标记MS39-40和MS87-88。这两个标记已定位在稻瘟病菌第一染色体上，因此，初步把Avr-Pid3定位在稻瘟病菌第一染色体上。开发多种分子标记并将AVR-Pid3锁定在标记MS39-40和MS180之间，与AVR-Pid3的遗传距离分别为10.9 cM和6.1 cM，为下一步的精细定位和克隆AVR-Pid3奠定了良好基础。
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