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QS-Net：基于四元组和六元组重建系统发育网络
QS-Net: Reconstructing Phylogenetic Networks based on Quartet and Sextet
谭明 曹智
摘要
当生物实体或分类群之间涉及网状事件如水平基因转移，杂交，基因重组和基因重配时，系统发育网络被用于估计它们的进化关系。在过去的十年中，已经提出了许多系统发育树和网络重建方法。尽管它们在重建简单到中等复杂网状事件时非常准确，但是当同时存在几个网状事件时性能降低。在本文中提出一种新的方法QS-Net，一种利用六个分类单元之间关系的信息的系统发育网络重建方法。为了评估QS-Net的性能，我们对分别从进化树，涉及3个网状事件的进化网络和涉及5个网状事件的复杂进化网络模拟的3个人工序列数据集进行了实验。与流行的系统发育分析方法（包括Neighbor-Joining, Split-Decomposition, Neighbor-Net 和 Quartet-Net）的比较表明，QS-Net在重建树状进化历史方面与其他方法相当，而在重建网状事件方面优于其他方法。此外，我们还在真实数据集中运行了QS-Net，这些真实数据集包括由36种细菌物种组成的细菌分类数据和22种H7N9甲型流感病毒的全基因组序列。结果表明，QS-Net能够推断出普遍认为的细菌分类学和流感进化以及识别新的网状事件。
关键词
计算机科学与技术/系统发育网络/网状进化/细菌分类学/流感重配Key words
phylogenetic network/reticulate evolution/sextet/bacterial taxonomy/influenza reassortment引用本文复制引用
学科分类
生物科学(遗传学)/生物科学(生物工程学)/生物科学(分子生物学)