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花生TCP基因家族全基因组鉴定及生物信息学分析

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P(Teosinte branched 1/Cycloidea /Proliferating cell factors)转录因子作为植物特有的一类转录因子,参与植物生长发育的多个重要过程。花生作为重要的油料作物,关于TCP基因家族的研究却鲜见报道。本文通过生物信息学的方法对花生TCP基因家族成员进行鉴定并对其进行了染色体定位、系统进化、结构特征、理化性质、启动子顺式元件、基因组共线性、基因复制和选择压力等分析。结果表明:在四倍体花生AABB、二倍体AA和BB基因组中各鉴定获得30(AhTCPs)、11(AduTCPs)和10(AipTCPs)个,分别定位到14、6和5条染色体上;与拟南芥AtTCPs蛋白构建系统进化树发现,花生TCP蛋白可分为ClassⅠ和ClassⅡ两类;51个花生TCP成员均含有非典型bHLH结构,蛋白质结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主,氨基酸数目显示四倍体成员较二倍体成员多,且多数家族成员被定位到细胞外;基因家族成员上游2000bp启动子区含有多种与光响应、激素响应和植物生长发育等相关的顺式作用调控元件。另外,15对共线基因存在于AABB和AA基因组间,17对共线基因存在于AABB与BB基因组间;基因复制及选择压力分析发现,在四倍体基因组内发现5对片段复制,且仅有一对基因处于正向选择压力下。本研究首次对花生TCP基因家族进行全基因组鉴定及生物信息学分析,为进一步了解TCP家族的生物学功能提供理论基础。
Genome-wide identification and bioinformatics analysis of TCP gene family in peanut

peanutTCPtranscription factorbioinformatics analysis

崔顺立、候名语、陈娟娟、刘立峰、杨鑫雷、韦丽君、张靖男

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花生 P 转录因子 生物信息学分析

首发时间:2020-12-31