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基于相互作用网络构建及分析的蛋白质功能研究年度进展报告
杨晓明 1胡维国 2陶涛 3王恒樑 1于淼1
作者信息
- 1. 中国人民解放军军事医学科学院
- 2. 复旦大学
- 3. 厦门大学
- 折叠
摘要
在构建和分析人类蛋白质相互作用网络结构特点的基础上，以人类肝脏为模型，整合基因组、转录组、蛋白质组、DNA/RNA-蛋白质相互作用等多层次数据，从系统生物学角度揭示肝脏功能生物学调控网络及特点。构建了造血调控转录因子蛋白质相互作用网络、线粒体膜间隙蛋白质相互作用网络，开展了针对p53的RNA-蛋白质相互作用研究，建立了无引物合成技术，开展肝脏总体知识库的构建及相关数据分析，建立多组学数据分析方法，开发了可用于复合调控网络构建的在线工具，开发了差异调控分析程序包。对肝脏关键调控分子ABRO1、GIT2等的功能及作用机制进行深入研究。成功建立了AOM/DSS模型，发现肠道肿瘤的发生与形成与肠道中浸润的骨髓起源的抑制性细胞（Myeloid Derived Suppressive Cells，MDSCs）含量呈正相关，且MDSCs可能是通过抑制细胞毒性CD8+ T细胞的功能来发挥免疫抑制作用。利用补体系统关键组分C5、炎症调控分子CUEDC2的基因敲除小鼠深入研究C5、CUEDC2在结肠炎恶性转化中作用。发现免疫调控膜蛋白LSECtin与肿瘤发生密切相关。建立了一维长梯度结合串联质谱的深度测序平台和相对定量平台及蛋白质磷酸化修饰的大规模鉴定平台，构建了目前世界上具有最大规模的生物分子相互作用整合数据库PathPPI，并编写出第一版的网络模块挖掘软件——ModuleAnalysis。深入研究了一系列p53相互作用蛋白质，包括PISA、PITA、ABOR1、YY1、Ei24，初步分析了在胚胎着床模型中，p53与miRNA间的调控关系，发现调控p53的20个miRNA（miR-296-3p、miR-193、miR-98、miR-151-3p、miR-34c、miR-200a、miR-200b等），为了解p53蛋白的功能与调控机制提供了新的证据。以鼠疫耶尔森氏菌、志贺氏菌、流感病毒等为研究对象，在研究病原微生物蛋白质及与人体蛋白质的相互作用，发现福氏志贺氏菌LPS合成调控的新机制；发现一种鼠疫杆菌扰乱宿主细胞骨架的新机制，即鼠疫菌YpkA激酶能够直接磷酸化VASP ，从而大幅抑制细胞的F-肌动蛋白聚合及巨噬细胞吞噬功能；发现鼠疫菌毒性效应蛋白YopK的91-124位氨基酸是其结合到MATN2所必须的，yopK突变株对HeLa细胞的粘附能力，相对于野生型菌株显著增加；发现鼠疫菌毒力蛋白YopE在巨噬细胞中能够与p65发生相互作用，以GAP不依赖的方式促进NF-κB活化，并提高细胞存活力。
关键词
相互作用网络/肝脏功能/炎症相关的结肠癌/免疫调控分子网络/生物分子相互作用整合数据库/抑癌蛋白p53引用本文复制引用
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94报告类型
进展报告编制时间
2013-12-16立项年
2013