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海水鲆鲽类功能基因开发与利用

陈松林

海水鲆鲽类功能基因开发与利用

陈松林1
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作者信息

  • 1. 中国水产科学院黄海水产研究所
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摘要

1.构建了半滑舌鳎和牙鲆高密度SSR遗传连锁图谱,图谱含有标记分别为1,023个和1,487个标记,平均间距分别为1.7 cM和1.35 cM;构建了半滑舌鳎和牙鲆高密度SNP遗传连锁图谱,图谱含有标记分别为12,142个和10,232个标记,平均间距分别为0.16 cM 和0.25 cM;2.完成了半滑舌鳎物理图谱构建,图谱覆盖30,294个BAC克隆,组装contig 1,485个,singleton 585个,contig平均长度为537 Kb, 覆盖半滑舌鳎基因组7倍;完成半滑舌鳎BAC克隆末端测序11,520个,获得有效BAC末端序列20,435个,利用半滑舌鳎物理图谱,将末端序列与基因组测序已知W染色体序列进行比对,初步筛选到W染色体上BAC克隆1,564个,分布在18个contig上;3.完成了半滑舌鳎和牙鲆基因组精细图谱的构建,Contig N50分别为26 Kb和30 Kb,Scaffold N50分别为1.1 Mb和3.9 Mb。进而利用构建的高密度遗传连锁图谱,将Scaffolds锚定到连锁群上,绘制了半滑舌鳎和牙鲆的单倍体基因染色体图谱,定位基因19,800和21,008个;4. 搭建了鲆鲽类高通量生物信息学分析平台系统。包括戴尔R910服务器 2台,MD3600f盘阵1台,R420 网络服务器1台。可以满足鲆鲽类基因组组装、注释以及重测序等生物信息学分析需求;5.克隆半滑舌鳎和牙鲆等鲆鲽鱼类生殖、性别调控和抗病等性状相关的关键基因18个。从半滑舌鳎基因组中筛选到雌性特异基因4个,初步开展了其时空表达和功能分析。6.初步建立了以斑马鱼和青鳉为模式鱼的鲆鲽鱼基因功能验证平台,并利用该平台对牙鲆和半滑舌鳎性别等基因功能进行了分析;构建了经过修饰的半滑舌鳎性别特异基因真核表达载体;构建了半滑舌鳎DMRT1启动子及转基因载体;以牙鲆DAX-1和RAG2等建立了体外重组表达技术平台。

关键词

半滑舌鳎/牙鲆/功能基因/物理图谱/生殖/性别特异基因

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全文页数

52

报告类型

进展报告

编制时间

2013-11-18

立项年

2012
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