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探索胃早期癌及各癌前病变间的差异表达基因

徐雪 冯林 陆星华 杨爱明

探索胃早期癌及各癌前病变间的差异表达基因

徐雪 1冯林 2陆星华 1杨爱明1
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作者信息

  • 1. 中国医学科学院北京协和医院
  • 2. 中国医学科学院肿瘤医院
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摘要

目的:为探索胃癌前病变各阶段至胃癌发展的基因表达谱变化规律,寻找在不同癌前病变和癌灶间表达存在差异的基因,本研究收集了放大染色胃镜靶向活检标本,包括低级别上皮内瘤变、高级别上皮内瘤变和早期胃癌,进行全基因表达谱芯片实验,经生物信息学方法分析芯片数据,探索癌前病变向癌变演进中的分子特征,筛选并验证各阶段病变间差异表达的基因。方法:入选的研究对象来自北京协和医院(137例)和青海省人民医院(15例),共152例放大染色胃镜活检标本,4组分别为低级别上皮内瘤变组(45例)、高级别上皮内瘤变组(35例)、早期胃癌组(33例)和慢性胃炎对照组(39例)。分为筛选和验证2个阶段。筛选阶段进行全基因表达谱芯片实验,并经生物信息学技术分析基因芯片数据。验证阶段应用实时定量PCR的方法对基因芯片数据中筛选出的若干基因进行验证。统计学分析:基因芯片实验应用GeneSpring软件,两组间采用非配对t检验;qPCR实验应用SPSS 18.0软件,进行两组间的独立样本t检验和多组间方差分析,P<0.05存在统计学差异。结果:将3个病变组分别与对照组两两对比,约占半数的检测基因存在表达差异。3个病变组间比较:任2组间均可找到差异表达基因,但数量不同。胃高级别上皮内瘤变与低级别上皮内瘤变间、胃早期癌与低级别上皮内瘤变间的差异表达基因均有2-3千,而胃高级别上皮内瘤变和早期癌间的差异表达基因较少。在筛选病变组间的差异基因进行下一步验证实验时,结合各组病变的临床特征。因临床病理中常有胃高级别上皮内瘤变局灶癌变和早期癌灶周围伴高级别上皮内瘤变的现象,临床中胃癌被低估为高级别上皮内瘤变亦有一定比例,且2者处理原则相近(均为切除病变),可见胃高级别上皮内瘤变和早期癌的联系相对紧密,筛选二者与低级别上皮内瘤变间共同的差异基因进入下阶段实验。验证阶段实验中,独立样本的qPCR结果已验证了部分基因芯片筛选的差异基因,在胃低级别上皮内瘤变和胃高级别上皮内瘤变/早期癌间存在具统计学意义的表达差异。即相对于低级别上皮内瘤变和胃炎,在病变级别较高的高级别上皮内瘤变和早期癌中,差异基因的表达呈显著上调。结论:研究发现部分基因在胃低级别上皮内瘤变和胃高级别上皮内瘤变/早期癌间的组织表达差异明显,具统计学意义。组织表达的基因差异如能在进一步免疫组织化学实验中得到证实,可能有利于病理形态不典型时的辅助鉴别诊断,应用于临床将辅助临床随诊和治疗。本课题目前仍处于研究初期,样本量仍需进一步扩大,生物信息学数据有待进一步深度挖掘,上述结果和结论将得到修正和补充。

关键词

胃早期癌/癌前病变/表达谱基因芯片/实时定量PCR/差异基因

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全文页数

11

报告类型

进展报告

编制时间

2013-11-25

立项年

2013
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