查看更多>>摘要:目的 筛选参与非酒精性脂肪肝铜死亡和铁死亡过程的核心基因,并确定其对非酒精性脂肪肝的诊断价值.方法 本研究从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载非酒精性脂肪肝转录组数据集GSE89632,运用R软件包的"limma"以及加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)方法,筛选非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)组和健康对照(healthy con-trol,HC)组的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).采用基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG),对DEGs进行功能富集分析.从FerrDbV2数据库中提取铁死亡相关基因,并通过文献检索获取铜死亡相关基因.利用STRING数据库构建与铜死亡和铁死亡均相关的基因,命名为CRF(cuproptosis-and ferroptosis-related,CRF)基因.DEGs、WGCNA和CRF基因的交集作为核心基因,采用GSE109836和GSE227714数据集和实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)验证核心基因核心基因的在NASH 患者中的表达情况.利用R软件包的"rms",基于核心基因构建非酒精性脂肪肝诊断模型的诺曼图,采用接受者操作特性曲线(receiver operating characteristic,ROC)分析评估核心基因对非酒精性脂肪肝的诊断价值.此外,采用CIBERSORT算法分型NASH组与HC组的免疫细胞浸润情况.采用Spearman相关性分析探讨各种浸润免疫细胞间的关系.结果 GSE89632数据集分析显示,NASH组与HC组之间存在236个DEGs.WGCNA分析揭示了 8个显著模块和11,095个模块基因.其中330个为CRF基因.交集分析发现,IL6、IL1B、JUN、NR4A1和PTGS2为核心基因,它们在NASH患者的肝组织中均表达下调,此结果得到了验证数据集和RT-qPCR的验证.ROC曲线分析显示,这些基因对非酒精性脂肪肝具有良好的诊断效能,它们的曲线下面积分别为0.985、0.941、1.000、0.967和0.985.NASH组的γδT细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞和静息肥大细胞的浸润比例高于HC组.结论 IL6、IL1B、JUN、NR4A1和PTGS2是与非酒精性脂肪肝铜死亡和铁死亡相关的核心基因,此发现为深入理解非酒精性脂肪肝的发病机制提供了新见解,可能为疾病的诊断和治疗靶点提供新方向.