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重庆医科大学学报
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雷寒

月刊

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023-68485032

400016

重庆市渝中区医学院路1号

重庆医科大学学报/Journal Journal of Chongqing Medical UniversityCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊是由重庆医科大学主办的综合性医学专业性学术刊物,已被《中文科技期刊数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《中国生物文摘》、《中国生物学文献数据库》全文收录。通过论著、临床研究及短篇报道等栏目刊登基础医学、临床医学等相关内容。为了更好地反映国内外最新科研成果及医药信息,欢迎从事医学卫生事业的人员踊跃投稿,并优先考虑属国家、省、市科研基金项目的论文。
正式出版
收录年代

    基于人工智能SGRN-Trans框架预测温胆汤中成分-靶点相互作用的研究

    王艳菁李治琦魏冬青徐威...
    1002-1011页
    查看更多>>摘要:目的:以温胆汤为例,构建基于知识图谱和注意力机制的深度学习模型(SGRN-Trans)预测中医经典名方中药效成分与靶点的相互作用,评价其预测效果.方法:首次提出SGRN-Trans(Self-weighted Graph Relational Network-Transformer)预测模型,结合多生物数据源构建中医经典名方温胆汤知识图谱(Wendan Decoction Knowledge Graph,WDKG),利用图神经网络学习知识图谱中每个实体的低维嵌入表示,引入中药成分和靶点各自的结构特征,搭载基于注意力机制的Transformer模型进行药效成分-靶点相互作用的预测,结合分子对接及文献调研进行验证.结果:WDKG包含10个类型共14 292个实体,可用于深度学习模型的研究.SGRN-Trans预测模型与TransE、TransR、ComplEx、DistMult、ConvKB等其他知识图谱嵌入模型的性能相比,效果最优.将预测排序前20组的药效成分与靶点分别进行分子对接和可视化呈现,其中8组的结合能提示其药效成分与靶点有潜在的相互作用.以温胆汤中半夏的有效成分soya-cerebroside(大豆脑苷脂)与低密度脂蛋白受体(low density lipopro-tein receptor,LDLR)相互作用为例,结合研究文献进行讨论,可能是温胆汤治疗动脉粥样硬化的机制之一.结论:本研究提出基于知识图谱和注意力机制的模型SGRN-Trans,可推广用于预测中医药经典名方复杂网络体系中成分与靶点的相互作用,为阐明经典名方的药效物质基础和作用机制提供新的工具.

    温胆汤药物-靶点相互作用知识图谱图神经网络注意力机制

    两样本孟德尔随机化分析哮喘与慢性阻塞性肺疾病的因果关系

    李雅兰张炜孙仕奇姜林鸿...
    1012-1017页
    查看更多>>摘要:目的:采用两样本孟德尔随机化(mendelian randomization,MR)方法探究哮喘和慢性阻塞性肺疾病(chronic obstruc-tive pulmonary disease,COPD)间是否存在因果关系.方法:从全基因组关联研究(genome-wide association studies,GW AS)汇总数据中筛选出与哮喘强相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为工具变量,采用逆方差加权法(inverse variance weighted,IVW)作为主要分析方法,MR-Egger法、加权中位数法、简单模型和加权模型作为辅助分析方法,以评价哮喘和COPD发病风险之间的因果关系,同时采用孟德尔随机多态性残差和离群值(mendelian randomization pleiotropy re-sidual sum and outlier,MR-PRESSO)检验检测是否存在离群的SNP,MR-Egger截距测试、Cochran Q检验评估工具变量的水平多效性和异质性.结果:共纳入61个SNP,IVW结果显示,哮喘是COPD的危险因素(OR=1.146,95%CI=1.023-1.283,P=0.020;OR=1.153,95%CI=1.003~1.326,P=0.045),其余4种辅助分析方法的结果与IVW方法显示的结果一致,MR-PRESSO检验、Co-chran Q 检验、MR-Egger截距测试以及留一法的结果均显示了结果的稳定性.结论:哮喘是COPD的危险因素.

    哮喘慢性阻塞性肺疾病孟德尔随机化全基因组关联研究

    双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达及其临床意义

    陈晓玲吕敏敏李燕贾亦真...
    1018-1024页
    查看更多>>摘要:目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式.方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(hu-man protein atlas,HPA)数据库上进一步验证了双硫死亡相关基因的表达,对基因SLC7A11在人结直肠癌样本中的表达进行了qPCR验证.下载GSE184093数据集,利用上述筛选获得的基因作为标记,设置不同的阈值对癌症和对照样本进行分类,并使用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评估分类效果.通过K-M生存分析,鉴定标记基因对患者总体生存率的影响,利用TIMER数据库分析标记基因的表达与免疫细胞浸润的相关性.结果:识别出了2个与结直肠癌相关的双硫死亡相关基因.SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并且SLC7A11高表达,结直肠癌患者预后良好,差异有统计学意义(P<0.05);SLC3A2高表达,结直肠癌患者预后较差,但是差异无统计学意义(P=0.061).使用SLC7A11和SLC3A2作为标记,对样本进行分类鉴别结直肠癌,通过ROC曲线图可以发现,SLC7A11和SLC3A2对结直肠癌鉴别诊断的AUC分别为 0.840(95%CI=0.663~1.000)和 0.667(95%CI=0.395~0.938),SLC7A11对鉴别诊断结直肠癌具有一定的准确性,SLC3A2对鉴别诊断结直肠癌具有较低的准确性.SLC7A11和SLC3A2在结直肠癌的免疫浸润中起着重要的作用,SLC7A11表达与结肠腺癌中的CD8+T细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平正相关(P<0.001),SLC7A11表达与直肠癌的CD8+T细胞、中性粒细胞浸润水平正相关(P<0.001).SLC3A2表达与结肠腺癌的CD8+T细胞、B细胞浸润水平负相关(P<0.01),与结肠腺癌的CD4+T细胞正相关(P<0.05).结论:本研究发现,SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并与结直肠癌免疫浸润密切相关,且SLC7A11对结直肠癌鉴别诊断具有一定的准确性,为结直肠癌提供了可靠和潜在的治疗靶点.

    结直肠癌生物信息学双硫死亡生存分析免疫浸润

    甲状腺功能障碍与静脉血栓之间的关系:1项双样本双向孟德尔随机化研究

    田皓赵渝张伟何林祥...
    1025-1032页
    查看更多>>摘要:目的:探究甲状腺功能障碍与静脉血栓栓塞症之间的因果关系,为甲状腺功能障碍与静脉血栓栓塞症发病风险提供遗传学证据支持.方法:采用全基因组关联研究(genome-wide association studies,GW AS)数据进行分析.本研究选择促甲状腺素(thyroid stimulating hormone,TSH)、游离甲状腺素(free thyroxine,FT4)、甲状腺功能亢进(hyperthyroidism)和甲状腺功能减退(hypothyroidism)作为暴露因素.结局变量为静脉血栓栓塞症(venous thromboembolism,VTE),包括深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)和肺栓塞(pulmonary embolism,PE).逆方差加权法(inverse-variance weighted,IVW)是评估暴露与结局之间因果关系的主要方法,并辅以MR-Egger、加权中位数法(Weighted median)、简易法(Simple mode)进行分析,同时Cochrane's Q检验作为敏感性分析方法.结果:IVW 显示甲亢与 VTE(OR=1.074,95%CI=1.016~1.135,P=0.011)、PE(OR=1.054,95%CI=1.012~1.098,P=0.011)和DVT(OR=1.068,95%CI=1.014~1.126,P=0.013)存在正向的因果关系.结论:研究基于遗传数据认为甲状腺功能障碍与静脉血栓栓塞症存在因果关系,甲状腺功能亢进会增加静脉血栓发生的风险.

    甲状腺功能障碍静脉血栓栓塞症孟德尔随机化全基因组关联研究

    Has-miR-204-5p介导椎间盘退变和相关疼痛症状的发生:来自孟德尔随机化和生物信息学的证据

    李凝道赵润涵张骏唐大刚...
    1033-1038页
    查看更多>>摘要:目的:挖掘椎间盘退变(intervertebral disc degeneration,IDD)及其相关疼痛症状的新MicroRNA生物标志物并探索相关分子机制.方法:从已发表的文献和全基因组关联研究(genome-wide association studies,GW AS)Catlog数据库中获取Mi-croRNA、背部疼痛和坐骨神经痛的GWAS数据,从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载IDD相关的MicroRNA和mRNA表达数据.利用孟德尔随机化和生物信息学分析挖掘关键MicroRNA,并基于GeneMANIA数据库探索其靶基因的生物学功能.结果:孟德尔随机化分析结果表明,has-miR-204-5p与背部疼痛(GCST90018797,OR=0.9761)和坐骨神经痛(GCST90044614,OR=0.8957)均具有明显的因果效应.同时,生物信息学分析结果显示,has-miR-204-5p在IDD组织中明显低表达,其3个靶基因Ⅲ型胶原蛋白α1链(collagen type Ⅲ alpha 1 chain,COL3A1),核糖体蛋白侧柄亚基P1(ribo-somal protein lateral stalk subunit P1,RPLP1)和转录因子4(transcription factor 4,TCF4)在IDD组织中异常高表达.此外,生物学功能富集分析揭示,3个靶基因主要富集在胶原蛋白、核糖体和Wnt信号通路等与IDD密切相关的生物学功能上.结论:Has-miR-204-5p是一种可靠的IDD生物标志物,在IDD及其相关疼痛症状中发挥重要作用.

    椎间盘退变孟德尔随机化生物信息学has-miR-204-5p

    基于腹部CT平扫图像对急性阑尾炎的诊断:影像组学研究

    曲别雪蕾王可欣刘想张耀峰...
    1039-1044页
    查看更多>>摘要:目的:探索使用影像组学模型在腹部CT平扫图像上诊断急性阑尾炎的可行性.方法:回顾性收集2015年5月至2021年8月北京大学第一医院经手术病理确诊的急性阑尾炎患者的术前腹部CT扫描的影像和临床数据210例,以及同期因其他急腹症行腹部CT平扫的患者210例用于影像组学模型训练.420例患者的CT检查采集于4台不同CT扫描设备.由2位影像科医生手工标注阑尾区域.将数据按7:3的比例随机分为训练集和测试集.使用特征提取102种图像特征后,使用Pearson相关分析进行特征降维,以递归特征消除法选择最相关的20种特征训练支持向量机(support vector machine,SVM)进行二分类,得到影像组学模型.得到影像组学模型后,对测试集进行预测结果,以受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)评价影像组学模型的效能.结果:经过特征降维、特征选择后,共有3种形态特征、3种一级特征和14种纹理特征用于训练SVM模型.测试集中SVM模型正确预测114例(阑尾炎60例,非阑尾炎54例),错误预测12例(阑尾炎3例,非阑尾炎9例)敏感度为95.2%,特异度为85.7%,准确率为90.5%,ROC曲线下面积为0.931(95%CI=0.887~0.976).结论:基于腹部CT平扫图像的影像组学模型可用于急性阑尾炎的预测,未来有望用于急腹症CT检查的流程优化.

    急性阑尾炎CT影像组学

    比较4种疗效评估标准的首次评估在胃肠间质瘤伊马替尼治疗中的预后预测价值

    杨萍赵晓芳唐华丽李易...
    1045-1051页
    查看更多>>摘要:目的:比较RECIST1.1、mRECIST1.1、Choi及早期形态学变化(early morphological change,EMC)4种疗效评估标准对接受伊马替尼(imatinib,IM)治疗的胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GISTs)患者的预后预测能力,并分析不同疗效患者的手术时机.方法:分别采用RECIST1.1、mRECIST1.1、Choi及EMC标准回顾性分析本院66例GISTs患者IM治疗前后的增强CT图像,并根据首次随访疗效反应将患者分为疗效good组和poor组.采用Kaplan-Meier生存曲线分别描绘四种疗效评估标准两组的总生存时间(overall survival,OS)和无进展生存时间(progression-free survival,PFS),通过log-rank检验比较OS及PFS是否存在组间差异.计算首次随访不同疗效患者在治疗后不同时间段的疾病进展(progressive disease,PD)及达到最佳疗效反应(best of response,BOR)的比例以确定合适的手术时机(在BOR比例≥50%且PD比例≤20%的前提下,患者最佳手术时机定义为两者差值最大的治疗时间段).结果:EMC标准首次随访疗效good组与poor组间OS(P=0.043)及PFS(P=0.003)差异均有统计学意义.Choi标准2组间仅PFS差异有统计学意义(P=0.002).RECIST1.1及mRECIST1.1标准首次随访疗效反应分组一致,2组间OS及PFS差异均无统计学意义(均P>0.05).EMC标准疗效good组即完全反应患者在治疗后1年内50%患者达BOR且无患者发生PD,该组最早PD时间为治疗后1.5年;并且完全反应患者手术与未手术组间的OS差异无统计学意义(P=0.051).结论:EMC标准能够早期、准确地对GISTs患者IM治疗后的预后进行分层;且依据EMC标准,完全反应患者可在治疗后1年再考虑手术切除,但这部分患者或许能够选择定期监测等更为保守的治疗措施来代替手术.

    胃肠间质瘤伊马替尼疗效评估预后预测手术时机

    CT图像后处理方法对颅内动脉瘤形态学参数测量准确性的影响

    吴钖莹张丽娟康绍磊王国树...
    1052-1057页
    查看更多>>摘要:目的:以三维数字减影血管造影(three-dimensional digital subtraction angiography,3D-DSA)为"金标准",基于CT血管成像(CT angiography,CTA)对比最大密度投影(maximum intensity projection,MIP)联合多平面重组(multiplanar reconstruction,MPR)和减影的容积再现(volume rendering,VR)这2种图像后处理方法之间颅内动脉瘤形态学参数测量结果的差异.方法:回顾性分析重庆医科大学附属第一医院92例(共116个颅内未破裂动脉瘤)患者的头颈CTA和DSA影像资料.使用双盲法分别在3D-DSA的VR、CTA的MIP-MPR和减影VR图像上测量动脉瘤的形态学参数,测量2次取均值,并计算相关的形态学衍生指标.使用组内相关系数(intraclass correlation coefficient,ICC)比较观察者间测量值的一致性,利用重复测量的方差分析或Friedman秩和检验比较不同后处理图像上测量结果的差异,后续组间两两比较采用Bonferroni校正.采用卡方检验对比各组小、微小动脉瘤及宽颈动脉瘤的分布情况.结果:基于MIP-MPR、减影VR和3D-DSA测得的动脉瘤最大径、瘤宽和瘤高在三组间整体比较时差异无统计学意义(x2值分别为4.484、5.808、4.468,均P>0.05);而得到的颈宽、载瘤动脉的平均直径在三组间整体比较时差异有统计学意义(x2值分别为48.341、87.948,均P<0.001);进行后续的组间两两比较时结果存在差异,且这种差异在颈内动脉虹吸部与非虹吸部2个亚组内又有一定区别.由MIP-MPR得出的形态学衍生指标均偏大,与DSA相比差异均有统计学意义(P<0.017),除高宽比外,与减影VR相比差异也有统计学意义(P<0.017).基于减影VR进行动脉瘤的形态学评估,仅载瘤动脉的平均直径和大小比与DSA相比差异有统计学意义(P<0.017),但载瘤动脉的平均直径测量差异在亚组分析时不明显(P>0.017);其余参数与DSA相比差异均无统计学意义(P>0.017).结论:减影VR上颅内动脉瘤形态学参数测量的准确性优于MIP-MPR,更适用于颈内动脉虹吸部动脉瘤的形态学评估.

    颅内动脉瘤图像后处理形态学最大密度投影多平面重组容积再现

    MRI评估胫股关节形态对前交叉韧带撕裂的影响

    王静宇袁亮林小慧杨海涛...
    1058-1064页
    查看更多>>摘要:目的:通过膝关节磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)探究股骨远端和胫骨近端形态与前交叉韧带(ante-rior cruciate ligament,ACL)撕裂的相关性.方法:选择2018年1月1日至2023年1月31日于重庆医科大学附属第一医院行膝关节MRI平扫检查的患者,最终选择81例ACL完全撕裂患者(病例组)和82例ACL正常患者(对照组),比较2组患者股骨和胫骨相关解剖学参数,包括髁间窝高度(intercondylar notch height,INH)、髁间窝宽度(intercondylar notch width,INW)、股骨髁宽度(notch width,NW)、髁间窝角(intercondylar notch angle,INA)、股骨内侧髁宽度(medial condyle width,MCW)、股骨内侧髁前后径(medial condyle length,MCL)、股骨外侧髁宽度(lateral condyle width,LCW)、股骨外侧髁前后径(lateral condyle length,LCL)、胫骨内侧平台宽度(medial tibial plateau width,MPW)、胫骨内侧平台前后径(medial tibial plateau length,MPL)、胫骨外侧平台宽度(lateral tibial plateau width,LPW)、胫骨外侧平台前后径(lateral condyle length,LPL)、胫骨髁间嵴角(intercondylar eminence angle,IEA)、内侧胫骨平台角(medial tibial plateau angle,MPA)、外侧胫骨平台角(lateral tibial plateau angle,LPA),计算髁间窝宽度指数(intercondylar notch width index,NWI),采用 MCW/LCW、MCULCL、MPW/LPW、MPULPL描述股骨及胫骨内外侧骨形态学的相对差异,采用MCL/MPL、LC W/LPW、LCW/LPW、LCULPL、IN A/IEA描述胫股关节之间的一致性;对2组患者进行单因素和多因素logistic分析,对筛选出的独立危险因素进行Logistis联合建模,并行接受者操作特征曲线(receiver operating charac-teristic curve,ROC)曲线分析.结果:①病例组患者INW、NWI、INA、MCUMPL小于对照组(P<0.05);病例组患者MCL、MPL、MPW、MCULCL、MPULPL大于对照组(P<0.05);②多因素分析显示,MCUMPL、NWI是ACL撕裂的独立危险因素(P<0.05);ROC曲线显示,MCUMPL、NWI及联合模型对ACL撕裂具有一定的预测价值,曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.672、0.671、0.734;③ 2 组患者 NW、INH、MCW、LCW、LCL、LPW、LPL、MCW/LCW、MPW/LPW、MCW/MPW、LCW/LPW、LCULPL、INA/IEA、IEA、MPA、LPA比较差异无统计学意义(P>0.05).结论:胫股关节形态与ACL撕裂具有相关性;MCUMPL越大,NWI越小,ACL撕裂的危险程度越高.

    前交叉韧带磁共振成像膝关节胫股关节

    我校张景勍教授团队在Nature Nanotechnology发表最新研究成果

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