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疾病监测
疾病监测

徐建国

月刊

1003-9961

jbjc@icdc.cn

010-58900732

102206

北京昌平区昌百路155号

疾病监测/Journal Disease SurveillanceCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊积极贯彻“预防为主”的工作方针，突出快、简、新和实用性强的特色，及时准确地向国内外报道传染病疫情及动态。
正式出版
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    新疆维吾尔自治区南疆地区结核分枝杆菌ESX-4分泌系统基因突变特征分析

    杨淑柳向煜王泉武娅宁...
    597-602页
    查看更多>>摘要：目的 比较不同家系及耐药性结核分枝杆菌临床分离株ESX-4分泌系统7个毒力基因突变的差异,探讨临床菌株中ESX-4基因的多态性特征.方法 纳入新疆维吾尔自治区南疆地区807株结核分枝杆菌临床株,进行全基因组测序.利用TB-profiler软件及C++脚本程序检测不同临床菌株ESX-4基因的突变、家系和药物敏感性结果.对数据进行描述性分析、x2检验及logistics回归分析.结果 在807株结核分枝杆菌中共发现1 19个单核苷酸多态性位点和12种不同的插入/缺失.非同义突变率排在前3位的基因是Rv3446c(43.12％)、esxU(40.02％)以及eccC4和eccD4基因(均为23.30％).家系中Lineage2(L2)占62.70％(506/807),L3占19.46％(157/807),L4占17.84％(144/807);敏感株占39.41％(318/807),耐药株占60.59％(489/807);利福平耐药占34.08％(275/807),异烟肼耐药占28.50％(230/807),喹诺酮类耐药占12.14％(98/807).L3家系中eccC4和esxT基因的突变率均显著高于L2或L4家系.多因素logistics回归模型分析发现:L2家系和异烟肼耐药是esxU和Rv3446c基因发生突变的危险因素[均比值比(OR)＞1,均P＜0.001];多耐药则是Rv3446c突变的又一危险因素[OR=1.94,95％置信区间(CI):1.12～3.37].结论 本研究发现了结核分枝杆菌ESX-4分泌系统中与L2、L3家系及耐药性相关的基因突变,为进一步研究结核分枝杆菌的传播、耐药和致病机制提供基础科学依据.

    结核分枝杆菌ESX-4分泌系统毒力基因突变基因多态性

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    2018-2023年北京市朝阳区急性胃肠炎聚集性疫情中肠道腺病毒和星状病毒的病原特征研究

    孙灵利韩桃利齐啸黄洋...
    603-608页
    查看更多>>摘要：目的 探讨2018-2023年期间北京市朝阳区急性胃肠炎(AGE)聚集性疫情中肠道腺病毒(AdV)和星状病毒(AstV)的病原特征.方法 采用荧光定量PCR法对2018年1月至2023年12月期间北京市朝阳区报告的AGE聚集性疫情的粪便/肛拭子样本进行肠道AdV和AstV核酸检测.采用反转录PCR或PCR方法对核酸阳性样本进行目的基因扩增测序、基因分型和进化分析,获得AGE聚集性疫情中肠道AdV和AstV的感染情况及基因型别,采用MEGA 6.0软件进行系统进化分析.结果 2018-2023年朝阳区AGE聚集性疫情中,分别在18起(2.44％)和23起(3.12％)疫情样本中检出肠道AdV和AstV核酸,两者均主要发生在幼儿园.在肠道AdV和AstV感染病例中,男女性比例分别为1∶1和1.7∶1,年龄中位数分别为4和5岁.在成功完成序列测定的11起肠道AdV阳性和16起AstV样本中,系统进化分析显示肠道AdV均为AdV41型,而AstV有4种基因型,包括AstV-1(75.00％)、AstV-2(6.25％)、AstV-3(6.25％)和AstV-5(12.50％).结论 本研究对2018-2023年期间,北京市朝阳区急性胃肠炎聚集性疫情中肠道腺病毒和星状病毒的病原特征进行了系统的分析,肠道AdV41型和AstV-l型为主要流行基因型,需要加强对AGE疫情中的病原特征的持续监测.

    急性胃肠炎疫情肠道腺病毒星状病毒

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    2018-2022年辽宁省沈阳市季节性流感病毒流行特征及乙型流感病毒分子进化分析

    陈玲韩雪丛实栗凡...
    609-615页
    查看更多>>摘要：目的 通过研究2018-2022年辽宁省沈阳市监测周期中流感病毒的病原学监测情况,了解该市流感病毒的流行特征,同时,对乙型流感病毒的血凝素全长基因进行扩增,分析沈阳市流感病毒流行的分子特征及谱系进化特点.方法 采集2018年10月1日至2022年3月31日沈阳市哨点医院门诊ILI咽拭子标本,应用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)方法确认流感病毒核酸阳性后进行病毒分离,选取部分乙型流感毒株,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对其血凝素全长基因进行扩增测序,使用Snapgene软件对测序结果进行拼接,Clustal W比对多重序列,最后使用MEGA 7.0软件构建进化树分析氨基酸突变位点.结果 2018-2022监测周期中沈阳市流感病毒检出总阳性率为5.00％,主要以A/H1N1型病毒为主(44.38％),其次是A/H3N2病毒(28.37％)和B/Victoria(27.24％),未检测到B/Yamagata系毒株.在2020-2021和2021-2022两个流行季中B/Victoria系毒株占比分别为83.33％和86.66％,为绝对优势株,且人群分布中5～14岁年龄组易感.沈阳市分离到的B/Victoria系毒株其血凝素基因均在V1A分支上.与疫苗株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键抗原决定簇部位有多个氨基酸位点突变.结论 在2018-2022年监测周期中,流感病毒流行的亚型多样性减少,但B/Victoria系遗传多样性增加,而且在多个关键抗原决定簇上发生突变,因此,需对流感的流行特征和乙型流感分子进化情况作以持续的监测,为以流感为主的呼吸道传染病防控提供科学依据.

    乙型流感B/Victoria血凝素基因基因特征分子进化

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    医疗机构发热呼吸道症候群监测病例定义筛选与评估研究

    郭玉清林帆连怡遥李柏松...
    616-621页
    查看更多>>摘要：目的 分析急性发热呼吸道症候群常见病原感染患者早期临床症状特征,科学筛选常见症状组合,为医疗机构开展智慧化发热呼吸道症候群监测,以期为及早发现急性呼吸道传染病暴发与预警提供参考.方法 利用2011-2015年全国发热呼吸道症候群病例的临床症状和病原学等数据,采用描述性分析方法对不同特征人群感染早期临床症状特征进行分析;通过灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值评估不同症状组合的监测效果.结果 不同年龄组和病原感染患者早期发热程度和咳嗽、咽痛、流涕等呼吸道常见症状构成存在差异,但发热、咳嗽为各年龄组以及病原类型最为常见的临床症状."发热≥37.2℃,伴有咳嗽、咽痛、流涕症状之一"的病例定义灵敏度较高,为71.63％,特异度为33.52％,在此定义基础上增加"咳痰"症状对灵敏度的改善,差异无统计学意义(P＞0.05);与其他症状组合相比,其阳性预测值和阴性预测值差异较小,分别为33.41％和71.73％.结论 为及时发现呼吸道传染病聚集性或病例异常升高疫情,以"发热≥37.2℃,伴有咳嗽、咽痛、流涕症状之一"的病例定义在医疗机构开展症候群监测灵敏度较高,具有一定的早期预警应用价值.

    发热呼吸道症候群早期症状病例定义评估

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    携带89K样毒力岛的猪链球菌ST665型与ST107型临床菌株的基因组及致病分析

    康娓铭王鸣柳王建平张西燕...
    622-628页
    查看更多>>摘要：目的 明确89K样毒力岛(PAI)的基因组特征及其在猪链球菌致病及耐药传播方面的作用.方法 通过生物信息学方法分析89K样PAIs的基因组特征;通过接合实验比较两种89K样PAIs的转移能力;采用最小抑菌浓度法测定临床分离株及接合子的耐药谱;通过C57BL/6小鼠和斑马鱼感染模型分别评估两个临床菌株及其89K样PAIs的接合子的致病性.结果 携带89K样PAIs的猪链球菌临床菌株GX54和GX82的序列型(ST)分别为ST665和ST107.菌株GX54携带的PAI大小为75Kb,在核苷酸水平上与ST7流行型菌株携带的89K PAI具有99.21％的相似性和79.00％的覆盖率,而菌株GX82携带的PAI大小为87Kb,与89K PAI具有98.80％的相似性和86.00％的覆盖率.这两个PAIs的插入位点与89K PAI相同,均位于rplL位点,且PAIs的两端均含有一段15 bp的att序列(5'-TTATTTAAGAGTAAC-3').此外,这两个PAIs均具有完整的模块化结构,包含完整的NisK-NisR样双组分信号转导系统和Ⅳ型分泌系统(T4SS).而在SalR-SalK样双组分信号转导系统中,仅SalR基因保持完整,SalK基因发生错义突变.与89K PAI相比,本研究中的两个PAIs在基因组成上呈现出一定的差异.75K PAI插入了4个基因,包括两个假定蛋白基因和两个耐药基因tet(O)和erm(B).而87K PAI则插入了12个基因,主要涉及编码与质粒相关的重组酶和假基因,以及与耐药相关的cat、tet(L)、erm(B)基因.此外,还包括编码转座酶、拓扑异构酶等基因.菌株GX54携带的75K PAI的转移频率为4.61×10-5,显著高于菌株GX82携带的87K PAI的转移频率8.46×10-6.与受体菌P1/7RIF相比,两个89K样PAIs的接合子P1/7RIF-GX54与P1/7RIF-GX82的四环素类和大环内酯类抗生素的抗性水平,以及对斑马鱼的致病力均显著增加,且两接合子组间的致病力差异无统计学意义(P＞0.05).菌株GX54和菌株GX82感染C57BL/6小鼠后,菌株GX54感染组小鼠死亡率显著高于菌株GX82感染组(P＜0.05).攻毒8 h后,两感染组小鼠的外周血细菌载量无统计学意义(P＞0.05),但菌株GX54感染组小鼠血清中的TNF-α水平显著高于菌株GX82感染组小鼠(P＜0.05),而IL-6水平在两感染组间无统计学意义(P＞0.05).sly、mrp、epf,ofs,revS,nadR,SSU05_0473,neuB及neuC等在高致病型猪链球菌中常见的毒力基因在GX54与GX82也存在.结论 本研究首次发现了猪链球菌ST665和ST107型临床菌株携带可移动的89K样PAIs.携带不同89K样PAIs的菌株毒力水平具有显著差异,该差异与菌株在感染早期诱导宿主产生TNF-α的水平密切相关,且并非由外周血中的细菌载量差异所引起.仅以包括89K样PAIs在内的已知毒力基因存在与否做为判断猪链球菌毒力水平的方法存在不足.

    猪链球菌89K样毒力岛接合耐药性致病

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    基于Prophet模型对浙江省嘉兴市流感样病例发病趋势的预测

    刘杨周浩月陆锦琪亓云鹏...
    629-633页
    查看更多>>摘要：目的 通过Prophet模型对浙江省嘉兴市流感样病例(ILI)发病趋势进行预测和评价,为流感性感冒(流感)防控工作及哨点医院监测工作提供新的思路和方法.方法 通过R 4.2.2软件的"forecast""prophet"包构建Prophet模型,对2013-2022年浙江省嘉兴市流感哨点医院的ILI就诊人数占门急诊就诊总人数比例(ILI％o)监测数据进行拟合和预测.结果 2013-2022年嘉兴市流感哨点医院年平均ILI％为2.97％,ILI％整体呈现波动变化,每年的冬春季会有明显的高峰,此后逐渐回落.Prophet模型拟合和预测结果显示,2013-2021年嘉兴市流感哨点医院ILI％监测数据拟合趋势呈上升趋势,对2022年ILI％预测结果的平均预测误差率为-16.73％,国家级哨点监测医院ILI％监测数据拟合趋势呈现先上升后下降的趋势,对2022年ILI％预测结果的平均预测误差率为-14.85％,预测结果均在95％置信区间内.结论 Prophet模型拟合和预测的误差较低,拟合预测效果良好,可用于ILI发病趋势的预测.

    流行性感冒Prophet模型预测

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    2004-2022年我国HIV-1 CRF08_BC亚型感染者抗病毒治疗前耐药分析

    辛沛贤宋畅胡婧刘秀...
    634-638页
    查看更多>>摘要：目的 了解我国HIV-1 CRF08_BC未抗病毒治疗感染者对蛋白酶类抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的耐药情况.方法 收集2004-2022年全国耐药调查以及Los Alamos HIV基因数据库中未治疗感染者的CRF08_BC亚型序列,利用美国斯坦福大学Los Alamos HIV基因数据库进行耐药判定,采用HIV-TRACE软件进行HIV-1耐药传播网络分析.结果 收集HIV-1 CRF08_BC序列4 539条,总耐药率为15.27％(693/4 539).PIs、NRTIs和NNRTIs的耐药率分别为1.70％(77/4 539)、1.85％(84/4 539)、12.91％(586/4 539);其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高,为11.28％(512/4 539).多重耐药率为0.1％(44/4 539).结论 近年来我国CRF08_BC感染者耐药率不断升高,主要由NNRTIs药物耐药率逐年上升引起,其中RPV的耐药率最高,且存在耐药毒株的传播,治疗前耐药对我国抗病毒治疗效果的影响还需进一步监测和分析.

    艾滋病病毒CRF08_BC亚型抗病毒治疗前传播性耐药耐药突变

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    基于新疆维吾尔自治区南疆地区169株结核分枝杆菌探讨基因缺失对贝达喹啉的耐药机制

    向煜杨淑柳武娅宁王泉...
    639-646页
    查看更多>>摘要：目的 挖掘与结核分枝杆菌(MTB)对贝达喹啉耐药相关的基因缺失片段.方法 2017-2020年期间从新疆维吾尔自治区南疆地区收集807株MTB分离株,对菌株进行全基因组测序,采用TB-Profiler 4.1.2检测菌株的家系和预测异烟肼、利福平、氟喹诺酮类等7种药物的敏感性;选择44株准广泛耐药(Pre-XDR)菌株和125株随机菌株,采用Delly 0.9.1软件检测基因缺失情况,采用C++脚本程序检测Rv0678、atpE和pepQ基因突变情况,采用微量肉汤稀释微孔板法检测菌株对贝达喹啉的最小抑菌浓度(MIC)及耐药情况.采用x2检验和秩和检验等方法分析基因缺失与贝达喹啉耐药的相关性及不同家系菌株对贝达喹啉耐药性及敏感程度的差异.结果 44株Pre-XDR株中共鉴定出23株贝达喹啉耐药株(MIC≥0.25μg/mL)和49种基因缺失类型,发生缺失菌株数＞5株的缺失类型共有8种,其中2729 618 bp～2 729 833 bp(Rv2434c)缺失组贝达喹啉耐药率和MIC水平低于未缺失组(x2=6.145,P=0.013和Z=-2.224,P=0.026);2235169 bp～2235233 bp(ctpG)、1 710 766 bp～1 711557 bp(Rv1519-Rv1520)和3952924bp～3954223 bp(echA19-Rv3517)多基因缺失组贝达喹啉耐药率和MIC水平均高于未缺失组(x2=4.322,P=0.038和Z=-2.526,P=0.012).但是在125株验证用菌株(含贝达喹啉耐药株23株)中均未发现差异具有统计学意义(x2=1.660,P=0.198和Z=-1.152,P=0.249).将44株菌株和125株菌株合并分析,仅发现2235 169 bp～2 235 233 bp(ctpG)、1710766 bp～1711557 bp(Rv1519-Rv1520)和3952 924 bp～3 954223 bp(echA19-Rv3517)多基因缺失组贝达喹啉耐药率高于未缺失组(x2=6.396,P=0.011),该多基因缺失仅发生于L3家系菌株,同时两两比较发现L3家系菌株的贝达喹啉耐药率显著高于L4家系(P＜0.017).结论 2235 169 bp～2 235 233 bp(ctpG)、1710766 bp～1 711557 bp(Rv1519-Rv1520)和3952 924 bp～3 954223 bp(echA19-Rv3517)多基因缺失为南疆地区L3家系菌株特有的基因缺失类型(与该地其他家系相比),其与贝达喹啉耐药性的关系不稳健,L3家系菌株可能比L4家系对贝达喹啉耐药的易感性更高.由于样本量较小,需扩大样本量做进一步验证,以上结果为了解贝达喹啉的耐药机制及控制相关耐药菌株的传播提供了线索.

    结核分枝杆菌耐药基因缺失贝达喹啉L3家系

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    2021-2022年贵州省贵阳市肺结核患者灾难性支出及影响因素研究

    梁祖花潘春柳汪俊华黄延...
    647-654页
    查看更多>>摘要：目的 评估贵州省贵阳市肺结核患者家庭灾难性支出发生情况及其影响因素,为减轻肺结核患者经济负担提供建议和依据.方法 采用问卷调查与查询医院信息系统相结合的方式对患者进行回顾性调查,灾难性支出采用率描述,通过x2检验和Log-binomial回归分析其影响因素.结果 贵阳市471例患者因治疗肺结核所支出的平均自付总费用为8201.00(3 900.02,14 809.33)元,53.72％(49.22％～58.22％)的肺结核患者发生了灾难性支出.多因素分析显示,人均年收入高(≥18000元)发生灾难性支出的风险低[患病率比(PR)=0.78,95％置信区间(CI):0.66～0.93],确诊延迟(PR=1.17,95％CI:1.02～1.35)、首诊机构为非结核病定点医院(PR=1.21,95％CI:1.04～1.40)、就诊次数≥3次(PR=1.42,95％CI:1.16～1.74)及住院次数≥2次(PR=2.37,95％CI:1.86～3.04)是患者发生灾难性支出的危险因素.分层分析结果显示,住院≥2次是城乡及不同职业、不同年龄段患者共有的危险因素,医保是农村患者特有的保护因素.结论 贵阳市肺结核患者灾难性支出的发生率较高,需进一步加强人均年收入低、确诊延迟、首诊机构为非定点医院、多次就诊及住院患者的社会保障措施和健康教育宣传力度.针对农村患者要做好医保与其他救助政策的配合,同时实施主动筛查保证患者早发现、早诊断、早治疗,从而降低患者经济负担,减少发生灾难性支出情况.

    结核,肺费用医疗灾难性支出影响因素

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    2021年广东省广州市一株埃可病毒11型菌株的分离与鉴定

    李贝杰陈澜范前进刘文宽...
    655-660页
    查看更多>>摘要：目的 探索疑似埃可病毒病原体感染标本的分离鉴定,了解埃可病毒11型(ECHO 11)生长特性及进化特征.方法 将2021年广东省广州市发热、急性扁桃体炎患儿的咽拭子标本接种人横纹肌肉瘤细胞(RD)进行病毒分离培养通过巢式反转录聚合酶链反应及一步法聚合酶链反应等方法对疑似埃可病毒病原体进行鉴定;扩增分离株VP1基因全长序列,选择全球有代表性流行株,绘制进化树,确定分离株的基因型并研究分离株在细胞中的生长动力学.结果 从患者咽拭子标本中分离出 ECHO 11毒株,命名为Qi-2023.分离株在RD细胞中能有效增殖,病毒滴度随着复制时间的增加而上升,3～12 h之间病毒增殖最快.进化树结果表明该分离株与D型代表株聚类在一起,VP1基因核苷酸相似性为84.42％～99.08％.且与D5亚型同源性最高,VP1基因核苷酸相似性99.08％.结论 从疑似肠道病毒感染患者的咽拭子中成功分离出一株ECHO 11,为D5亚型.这些研究将为ECHO 11感染防控提供实验室数据参考.

    肠道病毒埃可病毒11型分离鉴定VP1基因

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