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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621，3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域，着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
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    一个用于黄单胞菌核开关筛选鉴定的GUS报告载体的构建

    张云帆王家孟詹紫璐陈泳伶...
    117-128页
    查看更多>>摘要：核开关(riboswitch)是存在于信使 RNA(messenger RNA,mRNA)分子的 5'非翻译区(5'-untranslated region,5'UTR)的一段具有调控功能的RNA片段,它通过与特定的代谢物分子直接结合来调控所在mRNA自身的表达.核开关广泛存在于细菌中,在调控细菌的基础代谢以及致病等生理过程中发挥非常重要的作用.尽管目前在大肠杆菌(Escherichia coli)等模式细菌中已经鉴定了许多核开关,然而,至今在重要的植物病原细菌黄单胞菌属(Xanthomonas)细菌中只鉴定了1个核开关.为了实现在全基因组水平上对黄单胞菌的核开关进行高通量筛选鉴定,本研究设计和构建了1个β-葡萄糖苷酸酶(β-glucuroni-dase,GUS)报告载体pL3-SD+gusA.该载体既适用于在黄单胞菌属细菌中对候选的核开关进行验证,也可以通过构建基因组DNA表达文库而实现对黄单胞菌核开关的高通量筛选鉴定.

    黄单胞菌GUS报告载体核开关高通量筛选鉴定

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    转录因子FboR调控耻垢分枝杆菌抗氧化生长的机制研究

    彭莺祺林洁卢思宇谷琬琳...
    129-138页
    查看更多>>摘要：结核病的致病菌结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)在宿主内面临着多种氧化胁迫环境因子的压力,因而进化形成了一系列 自己的抗氧化生长机制.转录因子作为细菌快速响应外界环境的重要因子,通过调控其靶基因的表达来帮助细菌适应环境胁迫如抗氧化等.然而,目前分枝杆菌(Mycobacterium)中有关转录因子调控细菌抗氧化生长的分子机制还不是十分清楚.本研究以耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)作为模式菌株,发现了转录因子FboR调控分枝杆菌的抗氧化能力并检测了相关重组菌株的抗氧化生长情况,证实了FboR负调控细菌的抗氧化能力.随后通过转录组测序分析、凝胶阻滞实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)、实时定量 PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)和 β-半乳糖苷酶活性检测鉴定了影响细菌抗氧化生长的相关靶基因,成功解析了具体的调控通路与分子机制.

    转录因子耻垢分枝杆菌抗氧化生长

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    十字花科黑腐病菌全局转录后调控蛋白RsmA抑制胞外蛋白酶产生

    许缵宗梁玉霖吴轲林婷...
    139-149页
    查看更多>>摘要：胞外蛋白酶、胞外淀粉酶和胞外纤维素酶是十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)的重要致病因子,它们的表达受到严格的调控.本实验室之前的研究发现,在Xcc8004菌株中,编码全局转录后调控蛋白RsmA的基因rsmA缺失导致胞外淀粉酶和胞外纤维素酶产量显著下降,但不影响胞外蛋白酶的产量.因此认为,RsmA正向调控胞外淀粉酶和胞外纤维素酶的产生,而不调控胞外蛋白酶的产生.为了进一步明确RsmA是否参与胞外蛋白酶的表达调控,本研究构建了rsmA的过量表达株OErsmA,检测了其胞外蛋白酶产量,并和带有空的过表达载体的野生型菌株(WT/pB)的胞外蛋白酶产量进行了比较.结果发现,OErsmA的胞外蛋白酶产量比WT/pB的显著下降,证明RsmA具有抑制胞外蛋白酶产生的功能.Northern杂交结果显示,主胞外蛋白酶基因prtA的mRNA积累量在OErsmiA和WT/pB中没有明显差异.而凝胶阻滞实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)结果显示,(His)6-RsmA 能够与 prtA mRNA 的 SD 序列(shine-dalgarno se-quence)区域特异结合,预示RsmA通过抑制prtA mRNA的翻译起始(而不是转录)来负调控prtA的表达,从而抑制胞外蛋白酶的产生.

    十字花科黑腐病菌(Xcc)RsmA胞外蛋白酶prtA

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    当代中国人群牙齿可观测特征的多样性研究

    罗浩陈颖洁杨光睿Kaustubh Adhikari...
    150-171页
    查看更多>>摘要：本研究基于当代中国人群3D牙齿模型数据,参照拉美人群进化和多样性研究联合会(consortium for the analysis of the diversity and evolution of Latin America,CANDELA)所使用的牙齿特征点标记方法,使用牙齿特征点间的欧几里得线性距离(Euclidean linear distances,ELD)表示的牙齿表型作为牙齿可观测特征的度量,探究个体因素(年龄、性别)和群体因素(民族)对当代中国人群牙齿可观测特征多样性的影响.通过对牙齿标记特征点的典型变量分析(canonical variate analysis,CVA)、交叉验证(cross validation,CV)、主成分分析(principal component analysis,PCA)以及对牙齿表型的 Pearson 相关性分析和差异分析,本研究发现进化上相近的群体牙齿可观测特征往往更接近.具体来说,汉族的上颌牙齿可观测特征和壮族、苗族较为接近而不同于蒙古族的,而藏族的上、下颌牙齿可观测特征不同于维吾尔族的;南北中汉族牙齿表型的差异具有明确的方向性,下颌牙齿差异比上颌更明显;从性别角度看,男女牙齿表型差异主要体现在尖牙上,男性尖牙平均宽度和高度显著大于女性的;对不同年龄群体的差异分析表明,遗传外因素对牙齿可观测特征的影响主要体现在尖牙、上颌第一磨牙、下颌第一前磨牙上.

    当代中国人群牙齿可观测特征表型差异

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    通过目标区域测序寻找新的自身免疫性甲状腺疾病候选基因及相关位点

    狄立强李素丽张洁吉米兰木·麦麦提明...
    172-180页
    查看更多>>摘要：自身免疫性甲状腺疾病(autoimmune thyroid disease,AITD)是一种主要由T细胞介导的器官特异性自身免疫性疾病,包括格雷夫斯病(Graves disease,GD)和桥本甲状腺炎(Hashimoto thyroiditis,HT),其发病率与遗传因素紧密相关.本研究旨在确定与AITD相关的易感基因及位点.本研究通过对100例AITD(51例HT和49例GD)患者和50例健康体检者的基因组进行目标区域测序,并对基因多态性与AITD之间的相关性进行了统计学分析,进一步进行连锁分析找到易感基因及相关位点.本研究发现了BACH2基因的5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(rs 12205059、rs62408219、rs7742121、rs7756574、rs12204886)完全连锁,ARID5B 基因 10 个 SNP 位点(rs12778514、rs3740354、rs3740353、rs9633555、rs9633557、rs9633534、rs3740352、rs2393730、rs2393729、rs2393728)连锁程度较高,NFKB1 基因 7 个 SNP 位点(rs230528、rs230526、rs230521、rs230517、rs230512、rs4648011、rs230505)连锁程度较高,它们显示与 GD 显著相关;BACH2基因 24 个 SNP 位点(rs77175037、rs16882370、rs77758469、rs78777913、rs1 17721419、rs78336372、rs76671310、rs76587383、rs75249386、rs79815784、rs57765055、rs75199762、rs75340880、rs9444735、rs61246723、rs9451336、rs78318422、rs1 17023048、rs74639869、rs75487886、rs80029445、rs78252829、rs60148132、rs58745003)完全连锁,以及 4 个 SNP 位点(rs60519986、rs56835438、rs58205153、rs9451298)连锁程度较高,显示与 HT 显著相关;BACH2 基因 4 个 SNP 位点(rs12205059、rs7742121、rs7756574、rs12204886)连锁程度较高,ARID5B 基因 5 个 SNP 位点(rs9633555、rs9633556、rs2393730、rs2393729、rs2393728)连锁程度较高,它们与GD和HT易感性均显著相关.本研究揭示了BACH2、ARID5B和NFKB1基因的多态性与AITD易感性有关,它们可能参与了AITD的发病机制.

    自身免疫性甲状腺疾病格雷夫斯病桥本甲状腺炎连锁分析单核苷酸多态性(SNP)

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