查看更多>>摘要：为了解2016年～2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算.结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51％(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00％～63.16％.从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp～4161 bp,共编码1382 aa～1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4％～100％和93.8％～100％.19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV 属于GⅡb亚型,1株属于GⅠb亚型.S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GⅡb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55～aa56、aa135～aa136和aa155～aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失.与GⅡ型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00％～83.82％,其中18株GⅡb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GⅡa亚型、GⅡb亚型、GⅠa亚型及GⅠb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年.上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视.本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考.
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