查看更多>>摘要：为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因组序列,结果显示,检出18份APPV阳性样品,RT-PCR分段扩增并经测序拼接后共获得4条APPV广西流行株全基因组序列,结合GenBank登录的共有9条APPV广西流行株全基因组序列,采用BLAST及BioEdit软件分析APPV广西流行株全基因组序列的相似性;利用Mega 7.0软件绘制ORF、Npro、Erns及E2基因的系统发育树;通过Bepipred 2.0软件预测APPV囊膜糖蛋白Erns、E2蛋白的线性抗原表位;利用NetNGlyc 1.0在线软件预测APPV Erns、E2蛋白N-糖基化位点;利用RDP5和SimPlot软件分析APPV广西流行株全基因组的重组性.相似性结果显示,9条APPV广西流行株全基因组序列与GenBank中APPV流行株全基因组序列的相似性最高为89.9%～99.8%,且这些流行株分别来源于河北、湖北、湖南、四川、广西及广东等地;APPV广西流行株之间及与国内外APPV参考株全基因组序列的相似性分别为79.4%～99.6%及77.1%～98.3%,表明APPV广西流行株基因组进化来源广泛且复杂,并且APPV广西流行株之间的差异较大.遗传进化分析显示,ORF系统发育树分为3个基因型,APPV广西流行株GX01-2019属于I-2基因亚型,GX02-2018株属于I-3基因亚型,GX02-2019株属于Ⅱ基因型,其余则属于I-1基因亚型,Npro、Erns、E2基因的系统发育趋势与ORF基本一致.表明APPV广西流行株以I基因型为主,且无时间地域分布特点,并具有生物遗传多样性特征;抗原表位和N-糖基化位点预测结果显示,Erns蛋白主要含aa7～aa14、aa24～aa36、aa39～aa66等7个抗原表位,E2蛋白主要含aa5～aa9、aa16～aa25、aa35～aa111等5个抗原表位;APPV广西流行株Erns蛋白N-糖基化位点分别为12NSTG15、43NETI46及64NYTC67,E2蛋白N-糖基化位点分别为51NG(D或E)S(T)L54和64NTSS(I)67;重组分析结果显示,广西流行株APPV_China/GX-WZ/2017有重组信号,主要亲本为广西GX01-2018株,二者相似性为99.7%,次要亲本为韩国的KU16-2株,二者相似性为100%.本研究为广西地区APPV分子流行病学研究和遗传进化分析提供了基础数据.
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