查看更多>>摘要:目的 寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA).方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据,进行甲基化和lncRNA表达的差异分析.筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)的lncRNA,并进行生存分析和临床相关性分析.构建竞争性内源性RNA网络并对网络中的靶基因进行通路富集分析.用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)在14例LUSC术后组织样本中验证lncRNA的表达.结果 共鉴定出40 680个差异甲基化位点(dm-CpGs)和14418个DMRs.dm-CpGs大多数位于基因体,转录起始位点上游200、1 500 bp和5'非翻译区(UTR).37个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)位于DMRs中.其中14个DElncRNAs与DNA甲基化水平呈负相关.生存分析显示,3个DElncRNAs(TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3)低表达组的总生存率(OS)均高于高表达组[5年OS(TBX5-AS1):50.8%比 45.3%,风险比(HR)=1.39,P<0.05;5 年 OS(SFTA3):54.4%比41.8%,HR=1.37,P<0.05;5 年 OS(MAGI2-AS3):52.6%比 43.3%,HR=1.44,P<0.05].多因素Cox回归分析显示,由这3个lncRNA所构建的预后模型可作为LUSC总生存的独立预测因素(HR=2.746,95%可信区间:1.380~5.466,Z=2.88,P<0.01).SFTA3 在女性 LUSC 患者中表达高于男性[0.964(0.909,1.216)比 0.672(0.393,1.014),W=26701,P<0.01].TBX5-AS1 在>60岁患者中表达高于≤60 岁患者[0.720(0.411,1.034)比 0.596(0.298,0.907),W=22 152,P<0.05],在女性患者中表达高于男性[0.746(0.453,1.078)比 0.637(0.370,1.002),W=19 635,P<0.05],在Ⅳ期患者中表达高于Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ期患者[0.964(0.909,1.216)比 0.672(0.393,1.014),W=740,P<0.05].通路富集分析显示MAGI2-AS3的靶基因主要富集PI3K-Akt、MAPK和Rap1等信号通路.qPCR结果显示,临床LUSC样本中TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3在肿瘤中表达均低于正常组织[TBX5-AS1:0.006(0.001,0.013)比 0.019(0.012,0.044),W=154,P<0.01;SFTA3:0.003(0.001,0.004)比 0.022(0.015,0.030),W=187,P<0.01;MAG12-AS3:0.030(0.009,0.052)比 0.148(0.094,0.217),W=162,P<0.01].结论 lncRNA(SFTA3、MAGI2-AS3 和 TBX5-AS1)的表达与 LUSC 预后密切相关,在LUSC中表达下调且受DNA甲基化调控.